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Structure of the Highly Diabetogenic 4.1-T Cell Receptor Targeting a Hybrid insulin Peptide Bound to I-ag7.
Item | Info |
---|---|
PDB | 7z50 |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.65Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | H |
VB IMGT details | TRBV16/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV5/TRAJ40 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | T |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen Sequence | LQTLALEVEDDPCGG |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH2-AAd / H2-AB-NOD |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | H | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSRQGQNTLY | None | 11 |
CDRB2 | FRNQAP | None | 6 |
CDRB1 | SGHSA | None | 5 |
CDRA3 | AASVRNYKYV | None | 10 |
CDRA2 | IRSNMER | None | 7 |
CDRA1 | DSASNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.95° |
BC1 | 71.59° |
BA | -65.13° |
AC2 | 71.24° |
AC1 | 120.51° |
dc | 15.93Å |
Docking angle | 42.07° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4n0c_HG | 106.16° | 72.03° | -64.53° | 73.99° | 122.54° | 17.21Å | 3.8 |
4x6b_BA | 106.44° | 72.79° | -65.34° | 74.60° | 121.74° | 16.56Å | 3.9 |
1bd2_ED | 107.65° | 72.19° | -66.15° | 74.33° | 122.29° | 16.53Å | 3.9 |
3c5z_FE | 105.85° | 72.52° | -63.47° | 72.79° | 123.93° | 16.50Å | 4.4 |
1u3h_BA | 109.33° | 71.68° | -64.54° | 73.89° | 122.91° | 16.82Å | 4.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 2.5 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.1 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 6.1 |
4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 6.3 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.7 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV16/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV5/TRAJ40 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | W |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen Sequence | LQTLALEVEDDPCGG |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH2-AAd / H2-AB-NOD |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSRQGQNTLY | None | 11 |
CDRB2 | FRNQAP | None | 6 |
CDRB1 | SGHSA | None | 5 |
CDRA3 | AASVRNYKYV | None | 10 |
CDRA2 | IRSNMER | None | 7 |
CDRA1 | DSASNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.08° |
BC1 | 71.54° |
BA | -64.37° |
AC2 | 71.95° |
AC1 | 121.34° |
dc | 15.91Å |
Docking angle | 41.09° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4n0c_HG | 106.16° | 72.03° | -64.53° | 73.99° | 122.54° | 17.21Å | 2.9 |
4x6b_BA | 106.44° | 72.79° | -65.34° | 74.60° | 121.74° | 16.56Å | 3.2 |
3c5z_FE | 105.85° | 72.52° | -63.47° | 72.79° | 123.93° | 16.50Å | 3.3 |
3c60_BA | 107.87° | 72.85° | -62.87° | 74.17° | 122.49° | 16.41Å | 3.3 |
1bd2_ED | 107.65° | 72.19° | -66.15° | 74.33° | 122.29° | 16.53Å | 3.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 1.7 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.2 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.5 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 6.6 |
4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 6.7 |