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Structure of the Highly Diabetogenic 4.1-T Cell Receptor Targeting a Hybrid insulin Peptide Bound to I-ag7.
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 7z50 |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.65Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | H |
| VB IMGT details | TRBV16/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV5/TRAJ40 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | T |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
| Antigen Sequence | LQTLALEVEDDPCGG |
| Antigen Length | 15 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AAd / H2-AB-NOD |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | H | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSRQGQNTLY | None | 11 |
| CDRB2 | FRNQAP | None | 6 |
| CDRB1 | SGHSA | None | 5 |
| CDRA3 | AASVRNYKYV | None | 10 |
| CDRA2 | IRSNMER | None | 7 |
| CDRA1 | DSASNY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.95° |
| BC1 | 71.59° |
| BA | -65.13° |
| AC2 | 71.24° |
| AC1 | 120.51° |
| dc | 15.93Å |
| Docking angle | 42.07° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4n0c_HG | 106.16° | 72.03° | -64.53° | 73.99° | 122.54° | 17.21Å | 3.8 |
| 4x6b_BA | 106.44° | 72.79° | -65.34° | 74.60° | 121.74° | 16.56Å | 3.9 |
| 1bd2_ED | 107.65° | 72.19° | -66.15° | 74.33° | 122.29° | 16.53Å | 3.9 |
| 3c5z_FE | 105.85° | 72.52° | -63.47° | 72.79° | 123.93° | 16.50Å | 4.4 |
| 1u3h_BA | 109.33° | 71.68° | -64.54° | 73.89° | 122.91° | 16.82Å | 4.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 2.5 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.1 |
| 1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 6.1 |
| 4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 6.3 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.7 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | G |
| VB IMGT details | TRBV16/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV5/TRAJ40 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | W |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
| Antigen Sequence | LQTLALEVEDDPCGG |
| Antigen Length | 15 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AAd / H2-AB-NOD |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSRQGQNTLY | None | 11 |
| CDRB2 | FRNQAP | None | 6 |
| CDRB1 | SGHSA | None | 5 |
| CDRA3 | AASVRNYKYV | None | 10 |
| CDRA2 | IRSNMER | None | 7 |
| CDRA1 | DSASNY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.08° |
| BC1 | 71.54° |
| BA | -64.37° |
| AC2 | 71.95° |
| AC1 | 121.34° |
| dc | 15.91Å |
| Docking angle | 41.09° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4n0c_HG | 106.16° | 72.03° | -64.53° | 73.99° | 122.54° | 17.21Å | 2.9 |
| 4x6b_BA | 106.44° | 72.79° | -65.34° | 74.60° | 121.74° | 16.56Å | 3.2 |
| 3c5z_FE | 105.85° | 72.52° | -63.47° | 72.79° | 123.93° | 16.50Å | 3.3 |
| 3c60_BA | 107.87° | 72.85° | -62.87° | 74.17° | 122.49° | 16.41Å | 3.3 |
| 1bd2_ED | 107.65° | 72.19° | -66.15° | 74.33° | 122.29° | 16.53Å | 3.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 1.7 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.2 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.5 |
| 1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 6.6 |
| 4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 6.7 |