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TCR Tg6 in complex with Ld-Hf10
Item | Info |
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PDB | 8d5q |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.501Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV1/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV6/TRAJ52 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | E |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | TOXOPLASMA GONDII |
Antigen Sequence | HPGSVNEFDF |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
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MHC Chain | C | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | TCSAGRGGYAEQF | None | 13 |
CDRB2 | LRSPGD | B2-6-C | 6 |
CDRB1 | NSQYPW | B1-6-A | 6 |
CDRA3 | ALGDPTGANTGKLT | None | 14 |
CDRA2 | ASRDKEK | None | 7 |
CDRA1 | ASGYPA | None | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 114.47° |
BC1 | 78.40° |
BA | -60.17° |
AC2 | 78.62° |
AC1 | 123.94° |
dc | 16.01Å |
Docking angle | 31.67° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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3utp_LK | 112.41° | 78.45° | -59.63° | 79.12° | 121.28° | 16.17Å | 3.4 |
5c07_ED | 112.10° | 80.10° | -60.76° | 80.35° | 122.08° | 15.77Å | 3.9 |
5c0c_ED | 112.16° | 79.79° | -60.27° | 81.04° | 122.31° | 15.89Å | 4.0 |
5c08_ED | 111.93° | 80.00° | -60.13° | 80.39° | 121.87° | 15.78Å | 4.1 |
5c0b_JI | 112.28° | 80.10° | -60.73° | 80.73° | 121.94° | 15.83Å | 4.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4lst_HL | 115.12° | 77.30° | -59.92° | 81.06° | 125.64° | 15.29Å | 3.3 |
4om1_HL | 114.35° | 76.76° | -61.47° | 80.48° | 125.74° | 15.22Å | 3.4 |
3u7y_HL | 113.61° | 76.93° | -60.36° | 81.15° | 125.35° | 15.13Å | 3.5 |
4s1s_HL | 113.28° | 75.84° | -59.86° | 79.98° | 125.57° | 15.71Å | 3.6 |
5kzc_BD | 114.22° | 75.76° | -61.90° | 79.60° | 125.49° | 15.36Å | 3.7 |