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Crystal Structure of Ks1 TCR in complex with HLA-B*57:01-Tw10
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 8f5a |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 1.95Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV21/TRAJ39 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | E |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen Sequence | TSTLQEQIGW |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-B*5701 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSVGGTEAF | None | 10 |
| CDRB2 | YFSETQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
| CDRA3 | AVTLNNNAGNMLT | None | 13 |
| CDRA2 | IQSSQRE | None | 7 |
| CDRA1 | DSAIYN | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 99.89° |
| BC1 | 74.98° |
| BA | -47.85° |
| AC2 | 82.42° |
| AC1 | 119.44° |
| dc | 15.80Å |
| Docking angle | 50.36° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3rug_HG | 100.01° | 75.77° | -48.57° | 84.81° | 118.89° | 15.72Å | 2.7 |
| 3rug_FE | 100.25° | 75.20° | -49.87° | 86.06° | 119.82° | 15.81Å | 4.2 |
| 1ymm_ED | 102.52° | 73.47° | -48.86° | 81.32° | 123.63° | 15.82Å | 5.4 |
| 2wbj_HG | 100.50° | 73.05° | -50.30° | 80.42° | 123.42° | 15.89Å | 5.5 |
| 7jwj_ED | 98.39° | 74.68° | -44.94° | 86.04° | 123.10° | 15.83Å | 6.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5aum_HL | 107.30° | 70.43° | -45.53° | 83.77° | 117.71° | 16.10Å | 9.3 |