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the complex Between Public TCR Td08 and HLA-A24 Bound to Hiv-1 Nef138-8 Peptide
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 8gvb |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.2Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV8/TRAJ10 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | P |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HIV-1 06TG.HT008 |
| Antigen Sequence | RYPLTFGW |
| Antigen Length | 8 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | H | L |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*2402 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDRDRVPETQY | None | 13 |
| CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
| CDRA3 | AVGFTGGGNKLT | None | 12 |
| CDRA2 | YFSGDTLV | None | 8 |
| CDRA1 | YGATPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 99.60° |
| BC1 | 73.97° |
| BA | -56.72° |
| AC2 | 82.64° |
| AC1 | 122.55° |
| dc | 15.61Å |
| Docking angle | 57.80° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8gvg_BA | 100.75° | 74.24° | -56.89° | 83.92° | 122.48° | 15.74Å | 1.8 |
| 4jff_ED | 100.97° | 74.58° | -56.50° | 83.52° | 121.39° | 15.61Å | 2.1 |
| 4jfd_ED | 100.82° | 74.44° | -56.42° | 83.45° | 121.04° | 15.72Å | 2.2 |
| 6tmo_ED | 100.72° | 75.28° | -56.86° | 83.49° | 121.07° | 15.58Å | 2.4 |
| 6mra_BA | 100.44° | 73.77° | -54.63° | 82.11° | 122.00° | 15.88Å | 2.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.9 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.9 |