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F11 TCR in complex with Human Leukocyte antigen Class Ii allotype Dr1 Presenting P11T->R Modified influenza a Virus Haemagglutinin (Ha)306-318 Pkyvkqntlklar
Item | Info |
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PDB | 8pjg |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.83Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV24/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV8/TRAJ30 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | INFLUENZA A VIRUS |
Antigen Sequence | PKYVKQNTLKLAR |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ATSDESYGYT | None | 10 |
CDRB2 | SFDVKD | None | 6 |
CDRB1 | KGHDR | None | 5 |
CDRA3 | AVSEQDDKII | A3-10-B | 10 |
CDRA2 | YTSAATLV | A2-8-C | 8 |
CDRA1 | SSVPPY | None | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 107.15° |
BC1 | 76.54° |
BA | -55.23° |
AC2 | 79.04° |
AC1 | 124.10° |
dc | 15.99Å |
Docking angle | 48.21° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6r0e_ED | 107.34° | 76.53° | -55.56° | 78.95° | 123.84° | 16.03Å | 0.5 |
3mbe_HG | 106.17° | 75.59° | -53.78° | 80.04° | 122.03° | 15.91Å | 3.0 |
6vrn_ED | 105.26° | 74.47° | -56.51° | 79.15° | 123.98° | 16.25Å | 3.1 |
3mbe_DC | 105.96° | 75.46° | -53.75° | 79.63° | 121.96° | 15.91Å | 3.1 |
5wkf_ED | 105.05° | 74.18° | -55.82° | 79.79° | 123.90° | 15.76Å | 3.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 4.4 |
1j05_BA | 112.63° | 74.17° | -55.51° | 81.57° | 122.31° | 15.88Å | 6.7 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 6.9 |
5ggt_HL | 112.17° | 73.19° | -56.75° | 79.87° | 120.94° | 16.41Å | 7.0 |
1mlc_DC | 111.18° | 74.81° | -53.86° | 82.25° | 119.71° | 16.04Å | 7.1 |