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T Cell Recognition of Citrullinated alpha-Enolase Peptide Presented By HLA-Dr4
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 8trl |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.4Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | H |
| VA chain | G |
| VB IMGT details | TRBV2/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ49 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | F |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | EIFDSRGNPTGEV |
| Antigen Length | 13 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | D | E |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0401 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | H | FASTA file |
|
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| VA | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASRRDYFSYEQY | None | 12 |
| CDRB2 | FYNNEI | None | 6 |
| CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
| CDRA3 | IVNPANTGNQFY | None | 12 |
| CDRA2 | GLKNN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGNEY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 108.52° |
| BC1 | 72.50° |
| BA | -59.82° |
| AC2 | 90.22° |
| AC1 | 134.25° |
| dc | 17.81Å |
| Docking angle | 33.33° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3kpr_ED | 108.37° | 71.95° | -62.50° | 91.08° | 133.35° | 17.66Å | 3.0 |
| 4z7u_HG | 108.35° | 73.51° | -58.43° | 88.99° | 131.96° | 17.40Å | 3.1 |
| 4z7u_FE | 107.76° | 73.67° | -57.94° | 88.53° | 131.88° | 17.47Å | 3.8 |
| 3pqy_ED | 107.20° | 69.52° | -58.40° | 89.24° | 131.57° | 18.08Å | 4.6 |
| 3kps_ED | 108.71° | 71.81° | -63.92° | 89.41° | 132.56° | 17.63Å | 4.6 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV2/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ49 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | EIFDSRGNPTGEV |
| Antigen Length | 13 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0401 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASRRDYFSYEQY | None | 12 |
| CDRB2 | FYNNEI | None | 6 |
| CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
| CDRA3 | IVNPANTGNQFY | None | 12 |
| CDRA2 | GLKNN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGNEY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 108.73° |
| BC1 | 73.20° |
| BA | -58.64° |
| AC2 | 92.22° |
| AC1 | 134.56° |
| dc | 17.67Å |
| Docking angle | 34.82° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4z7u_HG | 108.35° | 73.51° | -58.43° | 88.99° | 131.96° | 17.40Å | 4.2 |
| 3kpr_ED | 108.37° | 71.95° | -62.50° | 91.08° | 133.35° | 17.66Å | 4.4 |
| 4z7u_FE | 107.76° | 73.67° | -57.94° | 88.53° | 131.88° | 17.47Å | 4.7 |
| 4z7v_FE | 111.26° | 73.06° | -61.69° | 93.39° | 131.70° | 17.14Å | 5.1 |
| 4z7v_HG | 111.21° | 73.03° | -62.36° | 92.92° | 131.88° | 17.12Å | 5.3 |