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T Cell Recognition of Citrullinated Vimentin Peptide Presented By HLA-Dr4
Item | Info |
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PDB | 8trq |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.75Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV19/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV6/TRAJ22 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | GVYATRSSAVRLR |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
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MHC Chain | B | NA |
MHC Type | GB |
MHC Species | human |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSLRTGANSDYT | None | 13 |
CDRB2 | SITEND | None | 6 |
CDRB1 | FNHDT | None | 5 |
CDRA3 | ALGDHSGSWQLI | None | 12 |
CDRA2 | VITAGQK | None | 7 |
CDRA1 | TTSIAYPN | None | 8 |
Angle | Value |
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BC2 | 104.82° |
BC1 | 72.23° |
BA | -72.24° |
AC2 | 70.19° |
AC1 | 123.22° |
dc | 17.20Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5til_LK | 106.68° | 73.40° | -71.92° | 69.72° | 124.78° | 16.55Å | 2.8 |
5tje_FE | 106.54° | 73.15° | -71.52° | 69.90° | 125.46° | 16.62Å | 3.1 |
5swz_TS | 102.55° | 72.71° | -73.06° | 73.13° | 121.22° | 16.92Å | 4.3 |
7f5k_BA | 103.61° | 72.42° | -70.38° | 68.11° | 126.48° | 16.45Å | 4.5 |
7jwi_ED | 102.83° | 72.70° | -70.72° | 73.61° | 121.98° | 16.76Å | 4.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 4.5 |
12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 7.5 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 8.6 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.2 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 9.4 |