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T Cell Recognition of Citrullinated Vimentin Peptide Presented By HLA-Dr4
Item | Info |
---|---|
PDB | 8trr |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.65Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV6/TRAJ40 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | GVYATRSSAVRLR |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0401 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSAVNSGNTLY | None | 12 |
CDRB2 | SYVADS | None | 6 |
CDRB1 | NNHDY | None | 5 |
CDRA3 | ALGDTGNYKYV | None | 11 |
CDRA2 | VITAGQK | None | 7 |
CDRA1 | TTSIAYPN | None | 8 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 99.54° |
BC1 | 73.55° |
BA | -63.59° |
AC2 | 72.68° |
AC1 | 123.56° |
dc | 16.19Å |
Docking angle | 37.85° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3are_DC | 100.15° | 74.20° | -64.40° | 75.94° | 123.52° | 16.55Å | 3.5 |
3arg_DC | 100.19° | 74.42° | -63.11° | 76.38° | 122.80° | 16.67Å | 4.0 |
3arf_DC | 100.12° | 74.68° | -63.86° | 76.60° | 123.39° | 16.45Å | 4.1 |
6c61_BA | 100.18° | 74.00° | -65.29° | 76.32° | 122.94° | 17.25Å | 4.3 |
3he6_DC | 100.80° | 74.12° | -65.56° | 76.18° | 123.52° | 16.62Å | 4.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.2 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV6/TRAJ40 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | GVYATRSSAVRLR |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0401 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSAVNSGNTLY | None | 12 |
CDRB2 | SYVADS | None | 6 |
CDRB1 | NNHDY | None | 5 |
CDRA3 | ALGDTGNYKYV | None | 11 |
CDRA2 | VITAGQK | None | 7 |
CDRA1 | TTSIAYPN | None | 8 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 99.87° |
BC1 | 73.06° |
BA | -65.71° |
AC2 | 71.66° |
AC1 | 121.96° |
dc | 16.33Å |
Docking angle | 38.52° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2cdf_BA | 99.27° | 71.38° | -67.40° | 72.79° | 118.99° | 16.70Å | 4.0 |
6vmx_JI | 98.32° | 72.14° | -68.27° | 72.16° | 119.17° | 16.56Å | 4.2 |
5d7l_HG | 100.58° | 73.05° | -69.45° | 73.19° | 120.48° | 16.93Å | 4.4 |
6cqr_ED | 102.63° | 72.40° | -68.09° | 74.17° | 120.23° | 15.99Å | 4.8 |
3are_DC | 100.15° | 74.20° | -64.40° | 75.94° | 123.52° | 16.55Å | 4.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.7 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 8.8 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 9.0 |