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T Cell Recognition of Citrullinated Vimentin Peptide Presented By HLA-Dr4
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 8trr |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.65Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV6/TRAJ40 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | GVYATRSSAVRLR |
| Antigen Length | 13 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0401 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSAVNSGNTLY | None | 12 |
| CDRB2 | SYVADS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHDY | None | 5 |
| CDRA3 | ALGDTGNYKYV | None | 11 |
| CDRA2 | VITAGQK | None | 7 |
| CDRA1 | TTSIAYPN | None | 8 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 99.54° |
| BC1 | 73.55° |
| BA | -63.59° |
| AC2 | 72.68° |
| AC1 | 123.56° |
| dc | 16.19Å |
| Docking angle | 37.85° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3are_DC | 100.15° | 74.20° | -64.40° | 75.94° | 123.52° | 16.55Å | 3.5 |
| 3arg_DC | 100.19° | 74.42° | -63.11° | 76.38° | 122.80° | 16.67Å | 4.0 |
| 3arf_DC | 100.12° | 74.68° | -63.86° | 76.60° | 123.39° | 16.45Å | 4.1 |
| 6c61_BA | 100.18° | 74.00° | -65.29° | 76.32° | 122.94° | 17.25Å | 4.3 |
| 3he6_DC | 100.80° | 74.12° | -65.56° | 76.18° | 123.52° | 16.62Å | 4.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.2 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV6/TRAJ40 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | GVYATRSSAVRLR |
| Antigen Length | 13 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0401 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSAVNSGNTLY | None | 12 |
| CDRB2 | SYVADS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHDY | None | 5 |
| CDRA3 | ALGDTGNYKYV | None | 11 |
| CDRA2 | VITAGQK | None | 7 |
| CDRA1 | TTSIAYPN | None | 8 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 99.87° |
| BC1 | 73.06° |
| BA | -65.71° |
| AC2 | 71.66° |
| AC1 | 121.96° |
| dc | 16.33Å |
| Docking angle | 38.52° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2cdf_BA | 99.27° | 71.38° | -67.40° | 72.79° | 118.99° | 16.70Å | 4.0 |
| 6vmx_JI | 98.32° | 72.14° | -68.27° | 72.16° | 119.17° | 16.56Å | 4.2 |
| 5d7l_HG | 100.58° | 73.05° | -69.45° | 73.19° | 120.48° | 16.93Å | 4.4 |
| 6cqr_ED | 102.63° | 72.40° | -68.09° | 74.17° | 120.23° | 15.99Å | 4.8 |
| 3are_DC | 100.15° | 74.20° | -64.40° | 75.94° | 123.52° | 16.55Å | 4.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.7 |
| 1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 8.8 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 9.0 |