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Human TCR Et650-4 in complex with Dq8-insc8-15-Iapp1
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 8vd2 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.9Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ42 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | GQVELGGGTPIESCQ |
| Antigen Length | 15 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DQA1*0301 / HLA-DQB1*0302 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLRRGDTIY | None | 11 |
| CDRB2 | YFSETQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
| CDRA3 | IVRVAIEGSQGNLI | None | 14 |
| CDRA2 | GLKNN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGNEY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 108.51° |
| BC1 | 70.82° |
| BA | -55.99° |
| AC2 | 93.57° |
| AC1 | 129.47° |
| dc | 17.24Å |
| Docking angle | 39.73° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8vd0_JI | 108.28° | 71.33° | -55.14° | 93.60° | 129.38° | 17.32Å | 1.0 |
| 8vd0_ED | 108.62° | 70.83° | -54.02° | 95.19° | 131.05° | 17.35Å | 3.0 |
| 3pqy_ON | 107.82° | 69.20° | -57.40° | 90.47° | 131.73° | 18.14Å | 4.5 |
| 3pqy_JI | 107.68° | 69.73° | -56.20° | 90.17° | 132.20° | 18.07Å | 4.7 |
| 3pqy_TS | 105.91° | 69.89° | -57.66° | 90.05° | 131.38° | 18.13Å | 5.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 8.9 |
| 2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 9.8 |
| 4lsv_HL | 112.42° | 71.79° | -57.42° | 87.34° | 123.18° | 16.92Å | 9.8 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 9.8 |