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Crystal Structure of TCR in complex with HLA-A*11:01 Bound to Kras-G12V Peptide (Vvgavgvgk)
Item | Info |
---|---|
PDB | 8wte |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.17Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV2/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV7/TRAJ22 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | J |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | H | I |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSQDRGDSAETLY | None | 14 |
CDRB2 | YSYQKL | None | 6 |
CDRB1 | LGHNA | None | 5 |
CDRA3 | AARSSGSWQLI | None | 11 |
CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.67° |
BC1 | 72.35° |
BA | -57.85° |
AC2 | 80.21° |
AC1 | 123.57° |
dc | 16.34Å |
Docking angle | 63.08° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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7pbe_ED | 106.19° | 72.72° | -57.80° | 79.41° | 123.62° | 16.51Å | 2.6 |
8wul_FE | 108.86° | 72.41° | -59.28° | 78.09° | 123.49° | 16.57Å | 2.6 |
2ckb_DC | 107.12° | 72.74° | -58.19° | 78.24° | 122.91° | 16.16Å | 2.6 |
2q86_BA | 109.01° | 73.63° | -59.77° | 78.68° | 124.18° | 16.58Å | 2.9 |
2ckb_BA | 107.00° | 73.44° | -59.14° | 79.11° | 122.23° | 16.21Å | 2.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1jfq_HL | 112.09° | 70.84° | -58.72° | 81.15° | 121.54° | 16.08Å | 4.5 |
5ggt_HL | 112.17° | 73.19° | -56.75° | 79.87° | 120.94° | 16.41Å | 4.6 |
6fab_HL | 112.29° | 70.91° | -58.97° | 81.10° | 121.55° | 16.01Å | 4.6 |
1c5b_HL | 112.67° | 70.15° | -57.22° | 80.22° | 122.56° | 16.00Å | 4.7 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 4.7 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV2/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV7/TRAJ22 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | G |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | E | F |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSQDRGDSAETLY | None | 14 |
CDRB2 | YSYQKL | None | 6 |
CDRB1 | LGHNA | None | 5 |
CDRA3 | AARSSGSWQLI | None | 11 |
CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 110.98° |
BC1 | 73.31° |
BA | -59.85° |
AC2 | 79.33° |
AC1 | 122.99° |
dc | 16.05Å |
Docking angle | 64.83° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
8wul_DC | 110.87° | 73.17° | -59.74° | 78.20° | 125.05° | 16.54Å | 2.4 |
2q86_BA | 109.01° | 73.63° | -59.77° | 78.68° | 124.18° | 16.58Å | 2.5 |
8wul_HG | 109.38° | 72.89° | -59.66° | 78.25° | 124.81° | 16.60Å | 2.7 |
8wul_FE | 108.86° | 72.41° | -59.28° | 78.09° | 123.49° | 16.57Å | 2.8 |
8wul_BA | 109.40° | 71.92° | -61.55° | 77.83° | 123.26° | 16.56Å | 3.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 2.8 |
4jj5_BA | 113.30° | 75.08° | -58.94° | 79.43° | 123.53° | 16.49Å | 3.1 |
1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 3.3 |
4osu_HL | 113.36° | 71.18° | -59.13° | 79.75° | 123.24° | 15.69Å | 3.3 |
5dum_HL | 112.74° | 74.77° | -58.24° | 80.30° | 121.12° | 16.51Å | 3.5 |