Structure of a Redesigned Cross-Reactive antibody to Dengue Virus with increased in Vivo Potency
PDB | 5aaw |
Species | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.27Å |
Number of Fvs | 6 |
In complex | True |
Light chain type | unknown |
Has constant region | False |
|
Display options: |
This PDB has 6 Fv(s).
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | K |
Light chain | K |
Heavy subgroup | unknown |
Light subgroup | unknown |
Species | MUS MUSCULUS |
In complex? | True |
scFv? | True |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | A | S | V | K | V | S | C | K | A | G | F | N | I | K | D | V | Y | M | S | W | V | R | Q | A | P | E | Q | G | L | E | W | M | G | R | I | D | P | E | N | G | D | T | K | Y | D | P | K | L | Q | G | R | V | T | M | T | A | D | T | S | T | N | T | A | Y | M | E | L | R | S | L | R | S | D | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | W | E | G | F | A | Y | W | G | Q | G | T | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | A | S | L | A | V | S | L | G | Q | R | A | T | I | S | C | R | A | S | E | N | V | D | K | Y | G | N | S | F | M | H | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | R | A | S | E | L | Q | W | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | R | S | N | E | V | P | W | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | L |
Antigen type | protein |
Antigen name | dengue serotype 4 envelope protein domain 3 |
Antigen species | DENGUE VIRUS |
Antigen sequence | MRIKGMSYTMCSGKFSIDKEMAETQHGTTVVKVKYEGAGAPCKVPIEIRDVNKEKVVGRIISSTPLAENTNSVTNIELEPPFGDSYIVIGVGNSALTLHWFRKGSSIGKHHHHHH |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFNIKDV |
CDRH2 | DPENGD |
CDRH3 | GWEGFAY |
CDRL1 | RASENVDKYGNSFMH |
CDRL2 | RASELQW |
CDRL3 | QRSNEVPWT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -52.19° |
HC1 | 69.3° |
HC2 | 117.64° |
LC1 | 121.71° |
LC2 | 85.33° |
dc | 16.15Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | D |
Light chain | D |
Heavy subgroup | unknown |
Light subgroup | unknown |
Species | MUS MUSCULUS |
In complex? | True |
scFv? | True |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | A | S | V | K | V | S | C | K | A | G | F | N | I | K | D | V | Y | M | S | W | V | R | Q | A | P | E | Q | G | L | E | W | M | G | R | I | D | P | E | N | G | D | T | K | Y | D | P | K | L | Q | G | R | V | T | M | T | A | D | T | S | T | N | T | A | Y | M | E | L | R | S | L | R | S | D | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | W | E | G | F | A | Y | W | G | Q | G | T | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | A | S | L | A | V | S | L | G | Q | R | A | T | I | S | C | R | A | S | E | N | V | D | K | Y | G | N | S | F | M | H | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | R | A | S | E | L | Q | W | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | R | S | N | E | V | P | W | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | E |
Antigen type | protein |
Antigen name | dengue serotype 4 envelope protein domain 3 |
Antigen species | DENGUE VIRUS |
Antigen sequence | MRIKGMSYTMCSGKFSIDKEMAETQHGTTVVKVKYEGAGAPCKVPIEIRDVNKEKVVGRIISSTPLAENTNSVTNIELEPPFGDSYIVIGVGNSALTLHWFRKGSSIGKHHHHHH |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFNIKDV |
CDRH2 | DPENGD |
CDRH3 | GWEGFAY |
CDRL1 | RASENVDKYGNSFMH |
CDRL2 | RASELQW |
CDRL3 | QRSNEVPWT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -52.28° |
HC1 | 69.19° |
HC2 | 117.53° |
LC1 | 121.41° |
LC2 | 84.62° |
dc | 16.18Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | H |
Light chain | H |
Heavy subgroup | unknown |
Light subgroup | unknown |
Species | MUS MUSCULUS |
In complex? | True |
scFv? | True |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | A | S | V | K | V | S | C | K | A | G | F | N | I | K | D | V | Y | M | S | W | V | R | Q | A | P | E | Q | G | L | E | W | M | G | R | I | D | P | E | N | G | D | T | K | Y | D | P | K | L | Q | G | R | V | T | M | T | A | D | T | S | T | N | T | A | Y | M | E | L | R | S | L | R | S | D | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | W | E | G | F | A | Y | W | G | Q | G | T | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | A | S | L | A | V | S | L | G | Q | R | A | T | I | S | C | R | A | S | E | N | V | D | K | Y | G | N | S | F | M | H | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | R | A | S | E | L | Q | W | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | R | S | N | E | V | P | W | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | I |
Antigen type | protein |
Antigen name | dengue serotype 4 envelope protein domain 3 |
Antigen species | DENGUE VIRUS |
Antigen sequence | MRIKGMSYTMCSGKFSIDKEMAETQHGTTVVKVKYEGAGAPCKVPIEIRDVNKEKVVGRIISSTPLAENTNSVTNIELEPPFGDSYIVIGVGNSALTLHWFRKGSSIGKHHHHHH |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFNIKDV |
CDRH2 | DPENGD |
CDRH3 | GWEGFAY |
CDRL1 | RASENVDKYGNSFMH |
CDRL2 | RASELQW |
CDRL3 | QRSNEVPWT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -51.45° |
HC1 | 69.75° |
HC2 | 118.0° |
LC1 | 121.42° |
LC2 | 85.06° |
dc | 16.07Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | B |
Light chain | B |
Heavy subgroup | unknown |
Light subgroup | unknown |
Species | MUS MUSCULUS |
In complex? | True |
scFv? | True |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | A | S | V | K | V | S | C | K | A | G | F | N | I | K | D | V | Y | M | S | W | V | R | Q | A | P | E | Q | G | L | E | W | M | G | R | I | D | P | E | N | G | D | T | K | Y | D | P | K | L | Q | G | R | V | T | M | T | A | D | T | S | T | N | T | A | Y | M | E | L | R | S | L | R | S | D | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | W | E | G | F | A | Y | W | G | Q | G | T | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | A | S | L | A | V | S | L | G | Q | R | A | T | I | S | C | R | A | S | E | N | V | D | K | Y | G | N | S | F | M | H | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | R | A | S | E | L | Q | W | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | R | S | N | E | V | P | W | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | J |
Antigen type | protein |
Antigen name | dengue serotype 4 envelope protein domain 3 |
Antigen species | DENGUE VIRUS |
Antigen sequence | MRIKGMSYTMCSGKFSIDKEMAETQHGTTVVKVKYEGAGAPCKVPIEIRDVNKEKVVGRIISSTPLAENTNSVTNIELEPPFGDSYIVIGVGNSALTLHWFRKGSSIGKHHHHHH |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFNIKDV |
CDRH2 | DPENGD |
CDRH3 | GWEGFAY |
CDRL1 | RASENVDKYGNSFMH |
CDRL2 | RASELQW |
CDRL3 | QRSNEVPWT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -51.38° |
HC1 | 69.45° |
HC2 | 118.0° |
LC1 | 121.53° |
LC2 | 84.87° |
dc | 16.15Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | A |
Light chain | A |
Heavy subgroup | unknown |
Light subgroup | unknown |
Species | MUS MUSCULUS |
In complex? | True |
scFv? | True |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | V | Q | L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | A | S | V | K | V | S | C | K | A | G | F | N | I | K | D | V | Y | M | S | W | V | R | Q | A | P | E | Q | G | L | E | W | M | G | R | I | D | P | E | N | G | D | T | K | Y | D | P | K | L | Q | G | R | V | T | M | T | A | D | T | S | T | N | T | A | Y | M | E | L | R | S | L | R | S | D | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | W | E | G | F | A | Y | W | G | Q | G | T | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
D | I | V | M | T | Q | S | P | A | S | L | A | V | S | L | G | Q | R | A | T | I | S | C | R | A | S | E | N | V | D | K | Y | G | N | S | F | M | H | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | R | A | S | E | L | Q | W | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | R | S | N | E | V | P | W | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | C |
Antigen type | protein |
Antigen name | dengue serotype 4 envelope protein domain 3 |
Antigen species | DENGUE VIRUS |
Antigen sequence | MRIKGMSYTMCSGKFSIDKEMAETQHGTTVVKVKYEGAGAPCKVPIEIRDVNKEKVVGRIISSTPLAENTNSVTNIELEPPFGDSYIVIGVGNSALTLHWFRKGSSIGKHHHHHH |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFNIKDV |
CDRH2 | DPENGD |
CDRH3 | GWEGFAY |
CDRL1 | RASENVDKYGNSFMH |
CDRL2 | RASELQW |
CDRL3 | QRSNEVPWT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -52.55° |
HC1 | 69.79° |
HC2 | 118.51° |
LC1 | 121.82° |
LC2 | 83.35° |
dc | 16.12Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | F |
Light chain | F |
Heavy subgroup | unknown |
Light subgroup | unknown |
Species | MUS MUSCULUS |
In complex? | True |
scFv? | True |
Has constant domain? | False |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | V | Q | L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | A | S | V | K | V | S | C | K | A | G | F | N | I | K | D | V | Y | M | S | W | V | R | Q | A | P | E | Q | G | L | E | W | M | G | R | I | D | P | E | N | G | D | T | K | Y | D | P | K | L | Q | G | R | V | T | M | T | A | D | T | S | T | N | T | A | Y | M | E | L | R | S | L | R | S | D | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | W | E | G | F | A | Y | W | G | Q | G | T | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | A | S | L | A | V | S | L | G | Q | R | A | T | I | S | C | R | A | S | E | N | V | D | K | Y | G | N | S | F | M | H | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | R | A | S | E | L | Q | W | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | R | S | N | E | V | P | W | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | G |
Antigen type | protein |
Antigen name | dengue serotype 4 envelope protein domain 3 |
Antigen species | DENGUE VIRUS |
Antigen sequence | MRIKGMSYTMCSGKFSIDKEMAETQHGTTVVKVKYEGAGAPCKVPIEIRDVNKEKVVGRIISSTPLAENTNSVTNIELEPPFGDSYIVIGVGNSALTLHWFRKGSSIGKHHHHHH |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFNIKDV |
CDRH2 | DPENGD |
CDRH3 | GWEGFAY |
CDRL1 | RASENVDKYGNSFMH |
CDRL2 | RASELQW |
CDRL3 | QRSNEVPWT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -53.4° |
HC1 | 70.13° |
HC2 | 119.34° |
LC1 | 121.55° |
LC2 | 82.76° |
dc | 16.1Å |
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
SAbDab paper: Dunbar, J., Krawczyk, K. et al (2014). Nucleic Acids Res. 42. D1140-D1146 [link]
Thera-SAbDab paper: Raybould, M.I.J., Marks, C. et al (2019). Nucleic Acids Res. gkz827 [link]