Ebov Gpdmuc (Makona) in complex with Rebov-520 and Rebov-548 Fabs
PDB | 6pci |
Species | HOMO SAPIENS |
Method | ELECTRON MICROSCOPY |
Resolution | 4.12Å |
Number of Fvs | 6 |
In complex | True |
Light chain type | Kappa |
Has constant region | True |
|
Display options: |
This PDB has 6 Fv(s).
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | I |
Light chain | L |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 100N | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | V | E | E | S | G | G | G | V | V | Q | P | G | G | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | M | F | S | N | Y | G | M | H | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | M | A | F | I | R | Y | D | D | S | K | K | F | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | S | K | N | T | L | Y | L | Q | M | N | S | L | R | A | E | D | T | A | L | Y | Y | C | A | K | E | L | L | Q | V | Y | T | S | A | W | G | E | G | H | S | Y | Y | Y | A | L | D | V | W | G | L | G | T | A | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | S | V | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | D | I | S | N | W | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | E | L | L | I | Y | T | A | S | I | L | Q | S | G | V | S | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | P | E | D | S | A | T | Y | Y | C | Q | Q | G | K | S | F | P | Y | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | B |
Antigen type | protein |
Antigen name | virion spike glycoprotein |
Antigen species | EBOLA VIRUS |
Antigen sequence | SIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSVTKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYASGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFT |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFMFSNY |
CDRH2 | RYDDSK |
CDRH3 | ELLQVYTSAWGEGHSYYYALDV |
CDRL1 | RASQDISNWLA |
CDRL2 | TASILQS |
CDRL3 | QQGKSFPYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -61.86° |
HC1 | 68.76° |
HC2 | 120.16° |
LC1 | 121.01° |
LC2 | 80.62° |
dc | 16.84Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | P |
Light chain | S |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGKV3 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | G | K | P | S | E | T | L | S | L | S | C | T | V | S | G | A | S | I | R | G | Y | F | W | N | W | I | R | Q | P | P | G | K | G | L | E | W | I | G | Y | I | H | S | T | G | S | T | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | T | I | S | V | D | T | S | K | N | Q | V | S | L | N | V | N | S | V | T | A | A | D | T | A | V | Y | F | C | A | R | G | A | W | N | V | A | T | V | Y | Y | Y | Y | G | M | D | V | W | G | Q | G | T | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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E | I | V | L | T | Q | S | P | G | T | L | S | L | S | P | G | E | R | A | T | L | S | C | R | A | S | Q | S | V | S | S | S | Y | F | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | A | P | R | L | L | I | S | G | T | S | T | R | A | P | G | I | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | R | L | E | P | E | D | F | A | V | Y | F | C | Q | Q | Y | G | N | S | L | Y | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | C,F |
Antigen type | protein |
Antigen name | virion spike glycoprotein; virion spike glycoprotein,virion spike glycoprotein,ebolavirus (makona) gp2 |
Antigen species | ebola virus ; zaire ebolavirus, ebola virus |
Antigen sequence | NNNTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRREVIVNAQPKCNPNLHFWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYTEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK/SIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSVTKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYASGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFT |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GASIRGY |
CDRH2 | HSTGS |
CDRH3 | GAWNVATVYYYYGMDV |
CDRL1 | RASQSVSSSYFA |
CDRL2 | GTSTRAP |
CDRL3 | QQYGNSLYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -59.28° |
HC1 | 71.73° |
HC2 | 119.09° |
LC1 | 116.7° |
LC2 | 83.53° |
dc | 16.95Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | O |
Light chain | R |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGKV3 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | G | K | P | S | E | T | L | S | L | S | C | T | V | S | G | A | S | I | R | G | Y | F | W | N | W | I | R | Q | P | P | G | K | G | L | E | W | I | G | Y | I | H | S | T | G | S | T | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | T | I | S | V | D | T | S | K | N | Q | V | S | L | N | V | N | S | V | T | A | A | D | T | A | V | Y | F | C | A | R | G | A | W | N | V | A | T | V | Y | Y | Y | Y | G | M | D | V | W | G | Q | G | T | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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E | I | V | L | T | Q | S | P | G | T | L | S | L | S | P | G | E | R | A | T | L | S | C | R | A | S | Q | S | V | S | S | S | Y | F | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | A | P | R | L | L | I | S | G | T | S | T | R | A | P | G | I | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | R | L | E | P | E | D | F | A | V | Y | F | C | Q | Q | Y | G | N | S | L | Y | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | B,E |
Antigen type | protein |
Antigen name | virion spike glycoprotein; virion spike glycoprotein,virion spike glycoprotein,ebolavirus (makona) gp2 |
Antigen species | ebola virus ; zaire ebolavirus, ebola virus |
Antigen sequence | NNNTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRREVIVNAQPKCNPNLHFWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYTEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK/SIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSVTKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYASGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFT |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GASIRGY |
CDRH2 | HSTGS |
CDRH3 | GAWNVATVYYYYGMDV |
CDRL1 | RASQSVSSSYFA |
CDRL2 | GTSTRAP |
CDRL3 | QQYGNSLYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.99° |
HC1 | 72.22° |
HC2 | 118.93° |
LC1 | 116.71° |
LC2 | 83.64° |
dc | 16.76Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | N |
Light chain | Q |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | IGKV3 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | G | K | P | S | E | T | L | S | L | S | C | T | V | S | G | A | S | I | R | G | Y | F | W | N | W | I | R | Q | P | P | G | K | G | L | E | W | I | G | Y | I | H | S | T | G | S | T | N | Y | N | P | S | L | K | S | R | V | T | I | S | V | D | T | S | K | N | Q | V | S | L | N | V | N | S | V | T | A | A | D | T | A | V | Y | F | C | A | R | G | A | W | N | V | A | T | V | Y | Y | Y | Y | G | M | D | V | W | G | Q | G | T | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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E | I | V | L | T | Q | S | P | G | T | L | S | L | S | P | G | E | R | A | T | L | S | C | R | A | S | Q | S | V | S | S | S | Y | F | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | A | P | R | L | L | I | S | G | T | S | T | R | A | P | G | I | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | R | L | E | P | E | D | F | A | V | Y | F | C | Q | Q | Y | G | N | S | L | Y | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | A,D |
Antigen type | protein |
Antigen name | virion spike glycoprotein; virion spike glycoprotein,virion spike glycoprotein,ebolavirus (makona) gp2 |
Antigen species | ebola virus ; zaire ebolavirus, ebola virus |
Antigen sequence | NNNTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRREVIVNAQPKCNPNLHFWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYTEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK/SIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSVTKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYASGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFT |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GASIRGY |
CDRH2 | HSTGS |
CDRH3 | GAWNVATVYYYYGMDV |
CDRL1 | RASQSVSSSYFA |
CDRL2 | GTSTRAP |
CDRL3 | QQYGNSLYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -59.28° |
HC1 | 71.62° |
HC2 | 119.87° |
LC1 | 117.26° |
LC2 | 83.65° |
dc | 16.93Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | J |
Light chain | M |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 100N | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | V | E | E | S | G | G | G | V | V | Q | P | G | G | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | M | F | S | N | Y | G | M | H | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | M | A | F | I | R | Y | D | D | S | K | K | F | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | S | K | N | T | L | Y | L | Q | M | N | S | L | R | A | E | D | T | A | L | Y | Y | C | A | K | E | L | L | Q | V | Y | T | S | A | W | G | E | G | H | S | Y | Y | Y | A | L | D | V | W | G | L | G | T | A | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | S | V | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | D | I | S | N | W | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | E | L | L | I | Y | T | A | S | I | L | Q | S | G | V | S | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | P | E | D | S | A | T | Y | Y | C | Q | Q | G | K | S | F | P | Y | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | C |
Antigen type | protein |
Antigen name | virion spike glycoprotein |
Antigen species | EBOLA VIRUS |
Antigen sequence | SIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSVTKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYASGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFT |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFMFSNY |
CDRH2 | RYDDSK |
CDRH3 | ELLQVYTSAWGEGHSYYYALDV |
CDRL1 | RASQDISNWLA |
CDRL2 | TASILQS |
CDRL3 | QQGKSFPYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -59.44° |
HC1 | 69.09° |
HC2 | 119.31° |
LC1 | 119.85° |
LC2 | 82.29° |
dc | 16.92Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | H |
Light chain | K |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV1 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 100N | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | V | Q | V | E | E | S | G | G | G | V | V | Q | P | G | G | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | M | F | S | N | Y | G | M | H | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | M | A | F | I | R | Y | D | D | S | K | K | F | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | S | K | N | T | L | Y | L | Q | M | N | S | L | R | A | E | D | T | A | L | Y | Y | C | A | K | E | L | L | Q | V | Y | T | S | A | W | G | E | G | H | S | Y | Y | Y | A | L | D | V | W | G | L | G | T | A | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | S | V | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | D | I | S | N | W | L | A | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | E | L | L | I | Y | T | A | S | I | L | Q | S | G | V | S | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | P | E | D | S | A | T | Y | Y | C | Q | Q | G | K | S | F | P | Y | T | F | G | Q | G | T | K | L | E | I | K |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | A |
Antigen type | protein |
Antigen name | virion spike glycoprotein |
Antigen species | EBOLA VIRUS |
Antigen sequence | SIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSVTKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYASGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFT |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFMFSNY |
CDRH2 | RYDDSK |
CDRH3 | ELLQVYTSAWGEGHSYYYALDV |
CDRL1 | RASQDISNWLA |
CDRL2 | TASILQS |
CDRL3 | QQGKSFPYT |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -58.83° |
HC1 | 69.77° |
HC2 | 119.71° |
LC1 | 120.3° |
LC2 | 82.06° |
dc | 16.71Å |
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
SAbDab paper: Dunbar, J., Krawczyk, K. et al (2014). Nucleic Acids Res. 42. D1140-D1146 [link]
Thera-SAbDab paper: Raybould, M.I.J., Marks, C. et al (2019). Nucleic Acids Res. gkz827 [link]