the Cryoem Structure of N49-P9.6-Fr3 and Pgt121 Fabs in complex with Bg505 Sosip.664
PDB | 7uoj |
Species | HOMO SAPIENS |
Method | ELECTRON MICROSCOPY |
Resolution | 4.02Å |
Number of Fvs | 6 |
In complex | True |
Light chain type | unknown |
Has constant region | True |
|
Display options: |
This PDB has 6 Fv(s).
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | H |
Light chain | L |
Heavy subgroup | unknown |
Light subgroup | unknown |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 76A | 76B | 76C | 76D | 76E | 76F | 76G | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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H | V | Q | L | V | Q | S | G | G | G | V | K | K | I | G | A | A | V | R | I | S | C | E | V | S | G | Y | N | F | M | D | Q | F | I | N | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | L | E | W | M | G | W | M | N | P | I | Y | G | Q | V | N | Y | S | W | R | F | Q | G | R | V | T | M | T | R | Q | L | S | Q | D | P | D | D | P | D | W | G | T | A | F | M | E | L | R | G | L | R | V | D | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | P | S | G | E | N | Y | P | F | H | Y | W | G | Q | G | V | R | V | V | V | S | S |
Light chain
4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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L | T | Q | P | A | S | M | S | A | S | P | G | Q | S | V | T | I | S | C | S | G | T | R | H | I | I | S | A | W | F | Q | Q | Y | P | G | K | P | P | K | L | I | I | F | D | D | D | K | R | P | S | G | V | P | S | R | F | S | A | S | R | P | G | D | T | A | S | L | T | I | S | N | V | Q | P | E | D | E | A | T | Y | I | C | N | T | Y | E | F | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | G |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope glycoprotein gp120 |
Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GYNFMDQ |
CDRH2 | NPIYGQ |
CDRH3 | GPSGENYPFHY |
CDRL1 | SGTRHIISA |
CDRL2 | DDDKRPS |
CDRL3 | NTYEF |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -56.39° |
HC1 | 78.14° |
HC2 | 112.84° |
LC1 | 119.23° |
LC2 | 83.1° |
dc | 16.77Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | h |
Light chain | l |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | unknown |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 100N | 100O | 100P | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | M | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | S | V | S | G | A | S | I | S | D | S | Y | W | S | W | I | R | R | S | P | G | K | G | L | E | W | I | G | Y | V | H | K | S | G | D | T | N | Y | S | P | S | L | K | S | R | V | N | L | S | L | D | T | S | K | N | Q | V | S | L | S | L | V | A | A | T | A | A | D | S | G | K | Y | Y | C | A | R | T | L | H | G | R | R | I | Y | G | I | V | A | F | N | E | W | F | T | Y | F | Y | M | D | V | W | G | N | G | T | Q | V | T | V | S | S |
Light chain
10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 68A | 68B | 68C | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | S | V | A | P | G | E | T | A | R | I | S | C | G | E | K | S | L | G | S | R | A | V | Q | W | Y | Q | H | R | A | G | Q | A | P | S | L | I | I | Y | N | N | Q | D | R | P | S | G | I | P | E | R | F | S | G | S | P | D | S | P | F | G | T | T | A | T | L | T | I | T | S | V | E | A | G | D | E | A | D | Y | Y | C | H | I | W | D | S | R | V | P | T | K | W | V | F | G | G | G | T | T | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | G |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope glycoprotein gp120 |
Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GASISDS |
CDRH2 | HKSGD |
CDRH3 | TLHGRRIYGIVAFNEWFTYFYMDV |
CDRL1 | GEKSLGSRAVQ |
CDRL2 | NNQDRPS |
CDRL3 | HIWDSRVPTKWV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -57.99° |
HC1 | 74.32° |
HC2 | 123.04° |
LC1 | 121.15° |
LC2 | 87.18° |
dc | 16.8Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | D |
Light chain | E |
Heavy subgroup | unknown |
Light subgroup | unknown |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 76A | 76B | 76C | 76D | 76E | 76F | 76G | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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H | V | Q | L | V | Q | S | G | G | G | V | K | K | I | G | A | A | V | R | I | S | C | E | V | S | G | Y | N | F | M | D | Q | F | I | N | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | L | E | W | M | G | W | M | N | P | I | Y | G | Q | V | N | Y | S | W | R | F | Q | G | R | V | T | M | T | R | Q | L | S | Q | D | P | D | D | P | D | W | G | T | A | F | M | E | L | R | G | L | R | V | D | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | P | S | G | E | N | Y | P | F | H | Y | W | G | Q | G | V | R | V | V | V | S | S |
Light chain
4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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L | T | Q | P | A | S | M | S | A | S | P | G | Q | S | V | T | I | S | C | S | G | T | R | H | I | I | S | A | W | F | Q | Q | Y | P | G | K | P | P | K | L | I | I | F | D | D | D | K | R | P | S | G | V | P | S | R | F | S | A | S | R | P | G | D | T | A | S | L | T | I | S | N | V | Q | P | E | D | E | A | T | Y | I | C | N | T | Y | E | F | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | A |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope glycoprotein gp120 |
Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GYNFMDQ |
CDRH2 | NPIYGQ |
CDRH3 | GPSGENYPFHY |
CDRL1 | SGTRHIISA |
CDRL2 | DDDKRPS |
CDRL3 | NTYEF |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -56.64° |
HC1 | 78.36° |
HC2 | 113.44° |
LC1 | 118.85° |
LC2 | 81.95° |
dc | 16.71Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | d |
Light chain | e |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | unknown |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 100N | 100O | 100P | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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Q | M | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | S | V | S | G | A | S | I | S | D | S | Y | W | S | W | I | R | R | S | P | G | K | G | L | E | W | I | G | Y | V | H | K | S | G | D | T | N | Y | S | P | S | L | K | S | R | V | N | L | S | L | D | T | S | K | N | Q | V | S | L | S | L | V | A | A | T | A | A | D | S | G | K | Y | Y | C | A | R | T | L | H | G | R | R | I | Y | G | I | V | A | F | N | E | W | F | T | Y | F | Y | M | D | V | W | G | N | G | T | Q | V | T | V | S | S |
Light chain
10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 68A | 68B | 68C | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | S | V | A | P | G | E | T | A | R | I | S | C | G | E | K | S | L | G | S | R | A | V | Q | W | Y | Q | H | R | A | G | Q | A | P | S | L | I | I | Y | N | N | Q | D | R | P | S | G | I | P | E | R | F | S | G | S | P | D | S | P | F | G | T | T | A | T | L | T | I | T | S | V | E | A | G | D | E | A | D | Y | Y | C | H | I | W | D | S | R | V | P | T | K | W | V | F | G | G | G | T | T | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | A |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope glycoprotein gp120 |
Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GASISDS |
CDRH2 | HKSGD |
CDRH3 | TLHGRRIYGIVAFNEWFTYFYMDV |
CDRL1 | GEKSLGSRAVQ |
CDRL2 | NNQDRPS |
CDRL3 | HIWDSRVPTKWV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -57.89° |
HC1 | 75.03° |
HC2 | 122.78° |
LC1 | 120.73° |
LC2 | 87.09° |
dc | 16.71Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | K |
Light chain | M |
Heavy subgroup | unknown |
Light subgroup | unknown |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 76A | 76B | 76C | 76D | 76E | 76F | 76G | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
H | V | Q | L | V | Q | S | G | G | G | V | K | K | I | G | A | A | V | R | I | S | C | E | V | S | G | Y | N | F | M | D | Q | F | I | N | W | V | R | Q | A | P | G | Q | G | L | E | W | M | G | W | M | N | P | I | Y | G | Q | V | N | Y | S | W | R | F | Q | G | R | V | T | M | T | R | Q | L | S | Q | D | P | D | D | P | D | W | G | T | A | F | M | E | L | R | G | L | R | V | D | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | P | S | G | E | N | Y | P | F | H | Y | W | G | Q | G | V | R | V | V | V | S | S |
Light chain
4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
L | T | Q | P | A | S | M | S | A | S | P | G | Q | S | V | T | I | S | C | S | G | T | R | H | I | I | S | A | W | F | Q | Q | Y | P | G | K | P | P | K | L | I | I | F | D | D | D | K | R | P | S | G | V | P | S | R | F | S | A | S | R | P | G | D | T | A | S | L | T | I | S | N | V | Q | P | E | D | E | A | T | Y | I | C | N | T | Y | E | F | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | I |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope glycoprotein gp120 |
Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GYNFMDQ |
CDRH2 | NPIYGQ |
CDRH3 | GPSGENYPFHY |
CDRL1 | SGTRHIISA |
CDRL2 | DDDKRPS |
CDRL3 | NTYEF |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -56.88° |
HC1 | 77.92° |
HC2 | 113.08° |
LC1 | 118.18° |
LC2 | 81.71° |
dc | 16.77Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | k |
Light chain | m |
Heavy subgroup | IGHV4 |
Light subgroup | unknown |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 100N | 100O | 100P | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Q | M | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | S | V | S | G | A | S | I | S | D | S | Y | W | S | W | I | R | R | S | P | G | K | G | L | E | W | I | G | Y | V | H | K | S | G | D | T | N | Y | S | P | S | L | K | S | R | V | N | L | S | L | D | T | S | K | N | Q | V | S | L | S | L | V | A | A | T | A | A | D | S | G | K | Y | Y | C | A | R | T | L | H | G | R | R | I | Y | G | I | V | A | F | N | E | W | F | T | Y | F | Y | M | D | V | W | G | N | G | T | Q | V | T | V | S | S |
Light chain
10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 68A | 68B | 68C | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
D | I | S | V | A | P | G | E | T | A | R | I | S | C | G | E | K | S | L | G | S | R | A | V | Q | W | Y | Q | H | R | A | G | Q | A | P | S | L | I | I | Y | N | N | Q | D | R | P | S | G | I | P | E | R | F | S | G | S | P | D | S | P | F | G | T | T | A | T | L | T | I | T | S | V | E | A | G | D | E | A | D | Y | Y | C | H | I | W | D | S | R | V | P | T | K | W | V | F | G | G | G | T | T | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | I |
Antigen type | protein |
Antigen name | envelope glycoprotein gp120 |
Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GASISDS |
CDRH2 | HKSGD |
CDRH3 | TLHGRRIYGIVAFNEWFTYFYMDV |
CDRL1 | GEKSLGSRAVQ |
CDRL2 | NNQDRPS |
CDRL3 | HIWDSRVPTKWV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -59.04° |
HC1 | 74.28° |
HC2 | 123.24° |
LC1 | 120.95° |
LC2 | 86.8° |
dc | 16.8Å |
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
SAbDab paper: Dunbar, J., Krawczyk, K. et al (2014). Nucleic Acids Res. 42. D1140-D1146 [link]
Thera-SAbDab paper: Raybould, M.I.J., Marks, C. et al (2019). Nucleic Acids Res. gkz827 [link]