Md65 N332-Gt5 Sosip in complex with Rm_N332_08 Fab and Rm20a3 Fab
| PDB | 8t4d | 
| Species | MACACA MULATTA | 
| Method | ELECTRON MICROSCOPY | 
| Resolution | 3.1Å | 
| Number of Fvs | 6 | 
| In complex | True | 
| Light chain type | Kappa,Lambda | 
| Has constant region | False | 
|  | Display options: | 
This PDB has 6 Fv(s).
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | C | 
| Light chain | D | 
| Heavy subgroup | IGHV3 | 
| Light subgroup | IGLV2 | 
| Species | MACACA MULATTA | 
| In complex? | True | 
| scFv? | False | 
| Has constant domain? | False | 
| Numbered Sequences (chothia) | 
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| E | V | Q | L | V | E | T | G | G | G | L | V | Q | P | G | G | S | L | K | L | S | C | R | A | S | G | Y | T | F | S | S | F | A | M | S | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | L | I | N | D | R | G | G | L | T | F | Y | V | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | S | K | N | T | L | S | L | Q | M | H | S | L | R | D | G | D | T | A | V | Y | Y | C | A | T | G | G | M | S | S | A | L | Q | S | S | K | Y | Y | F | D | F | W | G | Q | G | A | L | V | T | V | S | S | 
Light chain
| 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | L | T | Q | P | P | S | V | S | G | S | P | G | Q | S | V | T | I | S | C | T | G | T | S | S | D | I | G | S | Y | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | H | P | G | K | A | P | K | L | M | I | Y | D | V | T | Q | R | P | S | G | V | S | D | R | F | S | G | S | K | S | G | N | T | A | S | L | T | I | S | G | L | Q | A | D | D | E | A | D | Y | Y | C | S | A | Y | A | G | R | Q | T | F | Y | I | F | G | G | G | T | R | L | T | V | L | 
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | G | 
| Antigen type | protein | 
| Antigen name | md65 n332-gt5 sosip gp41 | 
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 | 
| Antigen sequence | AAGIGASSDGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEPQQHLLKDTHWGIKQLQARVLAVEHYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD | 
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GYTFSSF | 
| CDRH2 | NDRGGL | 
| CDRH3 | GGMSSALQSSKYYFDF | 
| CDRL1 | TGTSSDIGSYNYVS | 
| CDRL2 | DVTQRPS | 
| CDRL3 | SAYAGRQTFYI | 
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -62.68° | 
| HC1 | 71.81° | 
| HC2 | 118.91° | 
| LC1 | 116.19° | 
| LC2 | 83.09° | 
| dc | 15.68Å | 
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | H | 
| Light chain | L | 
| Heavy subgroup | IGHV1 | 
| Light subgroup | IGKV2 | 
| Species | MACACA MULATTA | 
| In complex? | True | 
| scFv? | False | 
| Has constant domain? | False | 
| Numbered Sequences (chothia) | 
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | V | Q | L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | Y | T | F | T | D | H | Y | I | H | W | V | R | Q | A | P | R | Q | G | L | E | W | M | G | W | I | N | P | Y | N | G | N | T | N | Y | A | Q | K | F | Q | G | R | V | T | L | T | R | D | T | S | T | T | T | V | Y | M | E | L | I | S | L | R | S | E | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | G | E | Y | C | T | G | F | G | C | F | A | G | K | G | D | N | S | L | D | V | W | G | R | G | V | L | V | S | V | S | S | 
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | V | M | I | Q | T | P | L | S | L | P | V | T | P | G | E | P | A | S | I | S | C | R | S | S | Q | S | L | F | D | I | E | D | E | T | T | Y | L | E | W | F | L | Q | K | P | G | Q | S | P | Q | P | L | I | Y | E | V | S | N | R | A | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | D | T | A | F | T | L | K | I | S | R | V | E | A | E | D | V | G | I | Y | Y | C | M | Q | G | I | E | Y | P | F | T | F | G | P | G | T | K | V | E | I | K | 
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | A | 
| Antigen type | protein | 
| Antigen name | md65 n332-gt5 sosip gp120 | 
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 | 
| Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNYAPKLRSMMRGEIKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCQNVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVIIRSENITNNAKNILVQLNTSVQINCTRPSNNTVKSIRIGPGQAFYYFGDVLGHVRMAHCNISKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFAQSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSLILPCWIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRTVGRRRRRR | 
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GYTFTDH | 
| CDRH2 | NPYNGN | 
| CDRH3 | GGEYCTGFGCFAGKGDNSLDV | 
| CDRL1 | RSSQSLFDIEDETTYLE | 
| CDRL2 | EVSNRAS | 
| CDRL3 | MQGIEYPFT | 
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -61.71° | 
| HC1 | 71.96° | 
| HC2 | 113.58° | 
| LC1 | 123.67° | 
| LC2 | 81.03° | 
| dc | 16.2Å | 
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | J | 
| Light chain | M | 
| Heavy subgroup | IGHV3 | 
| Light subgroup | IGLV2 | 
| Species | MACACA MULATTA | 
| In complex? | True | 
| scFv? | False | 
| Has constant domain? | False | 
| Numbered Sequences (chothia) | 
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| E | V | Q | L | V | E | T | G | G | G | L | V | Q | P | G | G | S | L | K | L | S | C | R | A | S | G | Y | T | F | S | S | F | A | M | S | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | L | I | N | D | R | G | G | L | T | F | Y | V | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | S | K | N | T | L | S | L | Q | M | H | S | L | R | D | G | D | T | A | V | Y | Y | C | A | T | G | G | M | S | S | A | L | Q | S | S | K | Y | Y | F | D | F | W | G | Q | G | A | L | V | T | V | S | S | 
Light chain
| 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | L | T | Q | P | P | S | V | S | G | S | P | G | Q | S | V | T | I | S | C | T | G | T | S | S | D | I | G | S | Y | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | H | P | G | K | A | P | K | L | M | I | Y | D | V | T | Q | R | P | S | G | V | S | D | R | F | S | G | S | K | S | G | N | T | A | S | L | T | I | S | G | L | Q | A | D | D | E | A | D | Y | Y | C | S | A | Y | A | G | R | Q | T | F | Y | I | F | G | G | G | T | R | L | T | V | L | 
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | I | 
| Antigen type | protein | 
| Antigen name | md65 n332-gt5 sosip gp41 | 
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 | 
| Antigen sequence | AAGIGASSDGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEPQQHLLKDTHWGIKQLQARVLAVEHYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD | 
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GYTFSSF | 
| CDRH2 | NDRGGL | 
| CDRH3 | GGMSSALQSSKYYFDF | 
| CDRL1 | TGTSSDIGSYNYVS | 
| CDRL2 | DVTQRPS | 
| CDRL3 | SAYAGRQTFYI | 
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -62.68° | 
| HC1 | 71.81° | 
| HC2 | 118.91° | 
| LC1 | 116.19° | 
| LC2 | 83.09° | 
| dc | 15.68Å | 
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | O | 
| Light chain | Q | 
| Heavy subgroup | IGHV1 | 
| Light subgroup | IGKV2 | 
| Species | MACACA MULATTA | 
| In complex? | True | 
| scFv? | False | 
| Has constant domain? | False | 
| Numbered Sequences (chothia) | 
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | V | Q | L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | Y | T | F | T | D | H | Y | I | H | W | V | R | Q | A | P | R | Q | G | L | E | W | M | G | W | I | N | P | Y | N | G | N | T | N | Y | A | Q | K | F | Q | G | R | V | T | L | T | R | D | T | S | T | T | T | V | Y | M | E | L | I | S | L | R | S | E | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | G | E | Y | C | T | G | F | G | C | F | A | G | K | G | D | N | S | L | D | V | W | G | R | G | V | L | V | S | V | S | S | 
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | V | M | I | Q | T | P | L | S | L | P | V | T | P | G | E | P | A | S | I | S | C | R | S | S | Q | S | L | F | D | I | E | D | E | T | T | Y | L | E | W | F | L | Q | K | P | G | Q | S | P | Q | P | L | I | Y | E | V | S | N | R | A | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | D | T | A | F | T | L | K | I | S | R | V | E | A | E | D | V | G | I | Y | Y | C | M | Q | G | I | E | Y | P | F | T | F | G | P | G | T | K | V | E | I | K | 
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | E | 
| Antigen type | protein | 
| Antigen name | md65 n332-gt5 sosip gp120 | 
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 | 
| Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNYAPKLRSMMRGEIKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCQNVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVIIRSENITNNAKNILVQLNTSVQINCTRPSNNTVKSIRIGPGQAFYYFGDVLGHVRMAHCNISKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFAQSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSLILPCWIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRTVGRRRRRR | 
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GYTFTDH | 
| CDRH2 | NPYNGN | 
| CDRH3 | GGEYCTGFGCFAGKGDNSLDV | 
| CDRL1 | RSSQSLFDIEDETTYLE | 
| CDRL2 | EVSNRAS | 
| CDRL3 | MQGIEYPFT | 
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -61.71° | 
| HC1 | 71.96° | 
| HC2 | 113.58° | 
| LC1 | 123.67° | 
| LC2 | 81.03° | 
| dc | 16.2Å | 
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | K | 
| Light chain | N | 
| Heavy subgroup | IGHV3 | 
| Light subgroup | IGLV2 | 
| Species | MACACA MULATTA | 
| In complex? | True | 
| scFv? | False | 
| Has constant domain? | False | 
| Numbered Sequences (chothia) | 
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| E | V | Q | L | V | E | T | G | G | G | L | V | Q | P | G | G | S | L | K | L | S | C | R | A | S | G | Y | T | F | S | S | F | A | M | S | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | L | I | N | D | R | G | G | L | T | F | Y | V | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | S | K | N | T | L | S | L | Q | M | H | S | L | R | D | G | D | T | A | V | Y | Y | C | A | T | G | G | M | S | S | A | L | Q | S | S | K | Y | Y | F | D | F | W | G | Q | G | A | L | V | T | V | S | S | 
Light chain
| 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | L | T | Q | P | P | S | V | S | G | S | P | G | Q | S | V | T | I | S | C | T | G | T | S | S | D | I | G | S | Y | N | Y | V | S | W | Y | Q | Q | H | P | G | K | A | P | K | L | M | I | Y | D | V | T | Q | R | P | S | G | V | S | D | R | F | S | G | S | K | S | G | N | T | A | S | L | T | I | S | G | L | Q | A | D | D | E | A | D | Y | Y | C | S | A | Y | A | G | R | Q | T | F | Y | I | F | G | G | G | T | R | L | T | V | L | 
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | B | 
| Antigen type | protein | 
| Antigen name | md65 n332-gt5 sosip gp41 | 
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 | 
| Antigen sequence | AAGIGASSDGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEPQQHLLKDTHWGIKQLQARVLAVEHYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD | 
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GYTFSSF | 
| CDRH2 | NDRGGL | 
| CDRH3 | GGMSSALQSSKYYFDF | 
| CDRL1 | TGTSSDIGSYNYVS | 
| CDRL2 | DVTQRPS | 
| CDRL3 | SAYAGRQTFYI | 
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -62.68° | 
| HC1 | 71.81° | 
| HC2 | 118.91° | 
| LC1 | 116.19° | 
| LC2 | 83.09° | 
| dc | 15.68Å | 
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | P | 
| Light chain | R | 
| Heavy subgroup | IGHV1 | 
| Light subgroup | IGKV2 | 
| Species | MACACA MULATTA | 
| In complex? | True | 
| scFv? | False | 
| Has constant domain? | False | 
| Numbered Sequences (chothia) | 
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | V | Q | L | V | Q | S | G | A | E | V | K | K | P | G | S | S | V | K | V | S | C | K | A | S | G | Y | T | F | T | D | H | Y | I | H | W | V | R | Q | A | P | R | Q | G | L | E | W | M | G | W | I | N | P | Y | N | G | N | T | N | Y | A | Q | K | F | Q | G | R | V | T | L | T | R | D | T | S | T | T | T | V | Y | M | E | L | I | S | L | R | S | E | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | G | G | E | Y | C | T | G | F | G | C | F | A | G | K | G | D | N | S | L | D | V | W | G | R | G | V | L | V | S | V | S | S | 
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | V | M | I | Q | T | P | L | S | L | P | V | T | P | G | E | P | A | S | I | S | C | R | S | S | Q | S | L | F | D | I | E | D | E | T | T | Y | L | E | W | F | L | Q | K | P | G | Q | S | P | Q | P | L | I | Y | E | V | S | N | R | A | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | D | T | A | F | T | L | K | I | S | R | V | E | A | E | D | V | G | I | Y | Y | C | M | Q | G | I | E | Y | P | F | T | F | G | P | G | T | K | V | E | I | K | 
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | F | 
| Antigen type | protein | 
| Antigen name | md65 n332-gt5 sosip gp120 | 
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 | 
| Antigen sequence | AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNYAPKLRSMMRGEIKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCQNVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVIIRSENITNNAKNILVQLNTSVQINCTRPSNNTVKSIRIGPGQAFYYFGDVLGHVRMAHCNISKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFAQSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSLILPCWIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRTVGRRRRRR | 
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GYTFTDH | 
| CDRH2 | NPYNGN | 
| CDRH3 | GGEYCTGFGCFAGKGDNSLDV | 
| CDRL1 | RSSQSLFDIEDETTYLE | 
| CDRL2 | EVSNRAS | 
| CDRL3 | MQGIEYPFT | 
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -61.71° | 
| HC1 | 71.96° | 
| HC2 | 113.58° | 
| LC1 | 123.67° | 
| LC2 | 81.03° | 
| dc | 16.2Å | 
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
SAbDab paper: Dunbar, J., Krawczyk, K. et al (2014). Nucleic Acids Res. 42. D1140-D1146 [link]
Thera-SAbDab paper: Raybould, M.I.J., Marks, C. et al (2019). Nucleic Acids Res. gkz827 [link]