Cryo-Em Structure of Hiv-1 Env Bg505 Ds-Sosip in complex with antibody Gpz6-B.01 Targeting the Fusion Peptide
| PDB | 8top |
| Species | MACACA MULATTA |
| Method | ELECTRON MICROSCOPY |
| Resolution | 3.52Å |
| Number of Fvs | 6 |
| In complex | True |
| Light chain type | Kappa |
| Has constant region | True |
|
|
Display options: |
This PDB has 6 Fv(s).
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | H |
| Light chain | L |
| Heavy subgroup | IGHV4 |
| Light subgroup | IGKV1 |
| Species | MACACA MULATTA |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 31B | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | V | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | A | V | Y | G | S | S | I | S | G | G | Y | F | Y | W | H | W | I | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | I | G | D | V | Y | F | S | G | T | T | G | Y | N | P | S | L | K | R | R | V | R | I | S | A | D | T | S | K | N | Q | F | S | L | N | L | R | S | V | T | A | A | D | T | A | V | Y | F | C | A | R | D | P | R | G | G | G | W | V | P | N | R | F | D | V | W | G | A | G | V | L | V | T | V | S | S |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | S | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | D | I | S | S | F | L | N | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | S | S | V | N | R | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | V | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | S | C | Q | Q | C | G | S | V | P | Y | T | F | G | Q | G | T | T | L | E | I | K |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | B,A |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | hiv-1 bg505 ds-sosip glycoprotein gp41; hiv-1 bg505 ds-sosip gp120 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSACTQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQCMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GSSISGGYF |
| CDRH2 | YFSGT |
| CDRH3 | DPRGGGWVPNRFDV |
| CDRL1 | RASQDISSFLN |
| CDRL2 | SVNRLES |
| CDRL3 | QQCGSVPYT |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -61.58° |
| HC1 | 74.09° |
| HC2 | 119.32° |
| LC1 | 122.34° |
| LC2 | 80.84° |
| dc | 16.24Å |
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | J |
| Light chain | K |
| Heavy subgroup | IGHV4 |
| Light subgroup | IGKV1 |
| Species | MACACA MULATTA |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 31B | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | V | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | A | V | Y | G | S | S | I | S | G | G | Y | F | Y | W | H | W | I | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | I | G | D | V | Y | F | S | G | T | T | G | Y | N | P | S | L | K | R | R | V | R | I | S | A | D | T | S | K | N | Q | F | S | L | N | L | R | S | V | T | A | A | D | T | A | V | Y | F | C | A | R | D | P | R | G | G | G | W | V | P | N | R | F | D | V | W | G | A | G | V | L | V | T | V | S | S |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | S | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | D | I | S | S | F | L | N | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | S | S | V | N | R | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | V | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | S | C | Q | Q | C | G | S | V | P | Y | T | F | G | Q | G | T | T | L | E | I | K |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | D,C |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | hiv-1 bg505 ds-sosip glycoprotein gp41; hiv-1 bg505 ds-sosip gp120 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSACTQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQCMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GSSISGGYF |
| CDRH2 | YFSGT |
| CDRH3 | DPRGGGWVPNRFDV |
| CDRL1 | RASQDISSFLN |
| CDRL2 | SVNRLES |
| CDRL3 | QQCGSVPYT |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -61.76° |
| HC1 | 73.83° |
| HC2 | 118.95° |
| LC1 | 122.53° |
| LC2 | 80.84° |
| dc | 16.2Å |
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | M |
| Light chain | N |
| Heavy subgroup | IGHV4 |
| Light subgroup | IGKV1 |
| Species | MACACA MULATTA |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 31B | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | V | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | A | V | Y | G | S | S | I | S | G | G | Y | F | Y | W | H | W | I | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | I | G | D | V | Y | F | S | G | T | T | G | Y | N | P | S | L | K | R | R | V | R | I | S | A | D | T | S | K | N | Q | F | S | L | N | L | R | S | V | T | A | A | D | T | A | V | Y | F | C | A | R | D | P | R | G | G | G | W | V | P | N | R | F | D | V | W | G | A | G | V | L | V | T | V | S | S |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | S | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | D | I | S | S | F | L | N | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | S | S | V | N | R | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | V | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | S | C | Q | Q | C | G | S | V | P | Y | T | F | G | Q | G | T | T | L | E | I | K |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | F,E |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | hiv-1 bg505 ds-sosip glycoprotein gp41; hiv-1 bg505 ds-sosip gp120 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSACTQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQCMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GSSISGGYF |
| CDRH2 | YFSGT |
| CDRH3 | DPRGGGWVPNRFDV |
| CDRL1 | RASQDISSFLN |
| CDRL2 | SVNRLES |
| CDRL3 | QQCGSVPYT |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -61.35° |
| HC1 | 73.97° |
| HC2 | 119.32° |
| LC1 | 122.45° |
| LC2 | 81.42° |
| dc | 16.23Å |
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | U |
| Light chain | V |
| Heavy subgroup | IGHV4 |
| Light subgroup | IGKV1 |
| Species | MACACA MULATTA |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 31B | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | V | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | A | V | Y | G | S | S | I | S | G | G | Y | F | Y | W | H | W | I | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | I | G | D | V | Y | F | S | G | T | T | G | Y | N | P | S | L | K | R | R | V | R | I | S | A | D | T | S | K | N | Q | F | S | L | N | L | R | S | V | T | A | A | D | T | A | V | Y | F | C | A | R | D | P | R | G | G | G | W | V | P | N | R | F | D | V | W | G | A | G | V | L | V | T | V | S | S |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | S | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | D | I | S | S | F | L | N | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | S | S | V | N | R | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | V | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | S | C | Q | Q | C | G | S | V | P | Y | T | F | G | Q | G | T | T | L | E | I | K |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | P,O |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | hiv-1 bg505 ds-sosip glycoprotein gp41; hiv-1 bg505 ds-sosip gp120 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSACTQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQCMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GSSISGGYF |
| CDRH2 | YFSGT |
| CDRH3 | DPRGGGWVPNRFDV |
| CDRL1 | RASQDISSFLN |
| CDRL2 | SVNRLES |
| CDRL3 | QQCGSVPYT |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -61.29° |
| HC1 | 74.1° |
| HC2 | 118.81° |
| LC1 | 121.95° |
| LC2 | 81.04° |
| dc | 16.28Å |
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | W |
| Light chain | X |
| Heavy subgroup | IGHV4 |
| Light subgroup | IGKV1 |
| Species | MACACA MULATTA |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 31B | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | V | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | A | V | Y | G | S | S | I | S | G | G | Y | F | Y | W | H | W | I | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | I | G | D | V | Y | F | S | G | T | T | G | Y | N | P | S | L | K | R | R | V | R | I | S | A | D | T | S | K | N | Q | F | S | L | N | L | R | S | V | T | A | A | D | T | A | V | Y | F | C | A | R | D | P | R | G | G | G | W | V | P | N | R | F | D | V | W | G | A | G | V | L | V | T | V | S | S |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | S | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | D | I | S | S | F | L | N | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | S | S | V | N | R | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | V | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | S | C | Q | Q | C | G | S | V | P | Y | T | F | G | Q | G | T | T | L | E | I | K |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | R,Q |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | hiv-1 bg505 ds-sosip glycoprotein gp41; hiv-1 bg505 ds-sosip gp120 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSACTQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQCMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GSSISGGYF |
| CDRH2 | YFSGT |
| CDRH3 | DPRGGGWVPNRFDV |
| CDRL1 | RASQDISSFLN |
| CDRL2 | SVNRLES |
| CDRL3 | QQCGSVPYT |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -61.81° |
| HC1 | 74.19° |
| HC2 | 119.37° |
| LC1 | 122.03° |
| LC2 | 80.99° |
| dc | 16.27Å |
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | Y |
| Light chain | Z |
| Heavy subgroup | IGHV4 |
| Light subgroup | IGKV1 |
| Species | MACACA MULATTA |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 31B | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | V | Q | L | Q | E | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | A | V | Y | G | S | S | I | S | G | G | Y | F | Y | W | H | W | I | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | I | G | D | V | Y | F | S | G | T | T | G | Y | N | P | S | L | K | R | R | V | R | I | S | A | D | T | S | K | N | Q | F | S | L | N | L | R | S | V | T | A | A | D | T | A | V | Y | F | C | A | R | D | P | R | G | G | G | W | V | P | N | R | F | D | V | W | G | A | G | V | L | V | T | V | S | S |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | S | L | S | A | S | V | G | D | R | V | T | I | T | C | R | A | S | Q | D | I | S | S | F | L | N | W | Y | Q | Q | K | P | G | K | A | P | K | L | L | I | S | S | V | N | R | L | E | S | G | V | P | S | R | F | S | G | S | G | S | G | T | E | F | T | L | T | V | S | S | L | Q | P | E | D | F | A | T | Y | S | C | Q | Q | C | G | S | V | P | Y | T | F | G | Q | G | T | T | L | E | I | K |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | T,S |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | hiv-1 bg505 ds-sosip glycoprotein gp41; hiv-1 bg505 ds-sosip gp120 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSACTQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQCMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GSSISGGYF |
| CDRH2 | YFSGT |
| CDRH3 | DPRGGGWVPNRFDV |
| CDRL1 | RASQDISSFLN |
| CDRL2 | SVNRLES |
| CDRL3 | QQCGSVPYT |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -61.49° |
| HC1 | 74.36° |
| HC2 | 119.13° |
| LC1 | 121.9° |
| LC2 | 81.59° |
| dc | 16.25Å |
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
SAbDab paper: Dunbar, J., Krawczyk, K. et al (2014). Nucleic Acids Res. 42. D1140-D1146 [link]
Thera-SAbDab paper: Raybould, M.I.J., Marks, C. et al (2019). Nucleic Acids Res. gkz827 [link]
