Cryo-Em Structure of the Bg505 Sosipv2 in complex with Bnab 04_a06 Fabs
| PDB | 8ult |
| Species | HOMO SAPIENS |
| Method | ELECTRON MICROSCOPY |
| Resolution | 3.8Å |
| Number of Fvs | 3 |
| In complex | True |
| Light chain type | unknown |
| Has constant region | True |
|
|
Display options: |
This PDB has 3 Fv(s).
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | H |
| Light chain | L |
| Heavy subgroup | unknown |
| Light subgroup | unknown |
| Species | HOMO SAPIENS |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 31B | 31C | 31D | 31E | 31F | 31G | 31H | 31I | 31J | 31K | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| S | V | R | L | D | Q | S | G | T | A | V | K | K | P | G | A | S | V | R | V | S | C | R | A | P | D | S | F | T | V | Y | R | P | R | L | S | A | Y | F | I | G | E | F | N | I | H | W | L | R | Q | A | P | G | Q | G | L | E | W | L | G | F | V | N | I | F | R | G | A | V | K | Y | S | S | R | F | Q | G | R | I | T | I | T | R | D | T | S | S | E | T | S | Y | L | D | L | G | A | L | K | A | D | D | T | A | T | Y | Y | C | A | W | D | K | N | V | D | D | N | P | W | R | L | D | S | W | G | Q | G | T | L | V | I | V | S | S |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 96 | 97 | 98 | 99 | 99A | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Y | I | Q | V | T | Q | S | P | S | S | L | S | A | S | I | G | D | T | I | T | V | A | C | E | V | S | Q | D | V | G | W | A | V | N | W | Y | H | Q | R | P | G | R | P | P | Y | N | L | I | Y | T | A | H | N | L | A | P | G | V | A | S | R | F | R | G | S | R | V | G | T | Y | F | T | L | T | I | N | N | L | L | P | E | D | V | G | T | Y | Y | C | Q | V | F | D | S | F | A | P | G | G | T | R | V | D | L | R |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | E,B |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | envelope glycoprotein gp120; envelope glycoprotein gp41 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | DSFTVYRPRLSAYFIGEF |
| CDRH2 | NIFRGA |
| CDRH3 | DKNVDDNPWRLDS |
| CDRL1 | EVSQDVGWAVN |
| CDRL2 | TAHNLAP |
| CDRL3 | QVFDS |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -56.45° |
| HC1 | 71.12° |
| HC2 | 118.52° |
| LC1 | 125.2° |
| LC2 | 84.88° |
| dc | 16.19Å |
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | I |
| Light chain | M |
| Heavy subgroup | unknown |
| Light subgroup | unknown |
| Species | HOMO SAPIENS |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 31B | 31C | 31D | 31E | 31F | 31G | 31H | 31I | 31J | 31K | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| S | V | R | L | D | Q | S | G | T | A | V | K | K | P | G | A | S | V | R | V | S | C | R | A | P | D | S | F | T | V | Y | R | P | R | L | S | A | Y | F | I | G | E | F | N | I | H | W | L | R | Q | A | P | G | Q | G | L | E | W | L | G | F | V | N | I | F | R | G | A | V | K | Y | S | S | R | F | Q | G | R | I | T | I | T | R | D | T | S | S | E | T | S | Y | L | D | L | G | A | L | K | A | D | D | T | A | T | Y | Y | C | A | W | D | K | N | V | D | D | N | P | W | R | L | D | S | W | G | Q | G | T | L | V | I | V | S | S |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 96 | 97 | 98 | 99 | 99A | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Y | I | Q | V | T | Q | S | P | S | S | L | S | A | S | I | G | D | T | I | T | V | A | C | E | V | S | Q | D | V | G | W | A | V | N | W | Y | H | Q | R | P | G | R | P | P | Y | N | L | I | Y | T | A | H | N | L | A | P | G | V | A | S | R | F | R | G | S | R | V | G | T | Y | F | T | L | T | I | N | N | L | L | P | E | D | V | G | T | Y | Y | C | Q | V | F | D | S | F | A | P | G | G | T | R | V | D | L | R |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | A,D |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | envelope glycoprotein gp120; envelope glycoprotein gp41 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | DSFTVYRPRLSAYFIGEF |
| CDRH2 | NIFRGA |
| CDRH3 | DKNVDDNPWRLDS |
| CDRL1 | EVSQDVGWAVN |
| CDRL2 | TAHNLAP |
| CDRL3 | QVFDS |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -56.39° |
| HC1 | 71.02° |
| HC2 | 118.64° |
| LC1 | 125.17° |
| LC2 | 85.04° |
| dc | 16.18Å |
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | J |
| Light chain | N |
| Heavy subgroup | unknown |
| Light subgroup | unknown |
| Species | HOMO SAPIENS |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 31B | 31C | 31D | 31E | 31F | 31G | 31H | 31I | 31J | 31K | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| S | V | R | L | D | Q | S | G | T | A | V | K | K | P | G | A | S | V | R | V | S | C | R | A | P | D | S | F | T | V | Y | R | P | R | L | S | A | Y | F | I | G | E | F | N | I | H | W | L | R | Q | A | P | G | Q | G | L | E | W | L | G | F | V | N | I | F | R | G | A | V | K | Y | S | S | R | F | Q | G | R | I | T | I | T | R | D | T | S | S | E | T | S | Y | L | D | L | G | A | L | K | A | D | D | T | A | T | Y | Y | C | A | W | D | K | N | V | D | D | N | P | W | R | L | D | S | W | G | Q | G | T | L | V | I | V | S | S |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 96 | 97 | 98 | 99 | 99A | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Y | I | Q | V | T | Q | S | P | S | S | L | S | A | S | I | G | D | T | I | T | V | A | C | E | V | S | Q | D | V | G | W | A | V | N | W | Y | H | Q | R | P | G | R | P | P | Y | N | L | I | Y | T | A | H | N | L | A | P | G | V | A | S | R | F | R | G | S | R | V | G | T | Y | F | T | L | T | I | N | N | L | L | P | E | D | V | G | T | Y | Y | C | Q | V | F | D | S | F | A | P | G | G | T | R | V | D | L | R |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | C,F |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | envelope glycoprotein gp120; envelope glycoprotein gp41 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | DSFTVYRPRLSAYFIGEF |
| CDRH2 | NIFRGA |
| CDRH3 | DKNVDDNPWRLDS |
| CDRL1 | EVSQDVGWAVN |
| CDRL2 | TAHNLAP |
| CDRL3 | QVFDS |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -56.2° |
| HC1 | 71.12° |
| HC2 | 118.38° |
| LC1 | 124.97° |
| LC2 | 85.0° |
| dc | 16.16Å |
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
SAbDab paper: Dunbar, J., Krawczyk, K. et al (2014). Nucleic Acids Res. 42. D1140-D1146 [link]
Thera-SAbDab paper: Raybould, M.I.J., Marks, C. et al (2019). Nucleic Acids Res. gkz827 [link]
