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Murine alloreactive Scfv TCR-Peptide-MHC Class I Molecule complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 1fo0 |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.5Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV1/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV16/TRAJ32 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | INFDFNTI |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
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MHC Chain | H | L |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | TCSADRVGNTLY | None | 12 |
CDRB2 | LRSPGD | B2-6-C | 6 |
CDRB1 | NSQYPW | B1-6-A | 6 |
CDRA3 | AMRGDYGGSGNKLI | None | 14 |
CDRA2 | QDSYKKEN | None | 8 |
CDRA1 | TQDSSYF | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.44° |
BC1 | 76.74° |
BA | -60.56° |
AC2 | 84.36° |
AC1 | 122.98° |
dc | 15.65Å |
Docking angle | 41.36° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6uk2_ED | 104.60° | 75.28° | -60.62° | 83.33° | 123.40° | 16.30Å | 2.1 |
3ffc_JI | 103.86° | 75.46° | -60.90° | 85.32° | 124.06° | 15.35Å | 2.5 |
3ffc_ED | 104.47° | 75.23° | -60.83° | 86.02° | 124.91° | 15.35Å | 3.1 |
6uk4_ED | 103.96° | 75.02° | -60.42° | 82.42° | 123.81° | 16.23Å | 3.2 |
6xc9_ED | 103.47° | 74.34° | -60.13° | 84.82° | 124.02° | 15.88Å | 3.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.6 |
1cl7_HL | 111.63° | 74.67° | -60.00° | 82.67° | 121.69° | 16.39Å | 6.9 |
2dbl_HL | 110.84° | 73.37° | -61.14° | 82.14° | 120.45° | 16.63Å | 7.3 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.3 |
5cgy_CD | 109.77° | 75.09° | -62.72° | 83.50° | 117.84° | 15.41Å | 7.3 |