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a Functional Hot Spot For antigen Recognition in a Superagonist TCR/MHC complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 1g6r |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.8Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | SIYRYYGL |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | H | L |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSGFASALT | None | 10 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.58° |
BC1 | 72.55° |
BA | -59.43° |
AC2 | 78.98° |
AC1 | 121.63° |
dc | 16.41Å |
Docking angle | 22.61° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2ckb_BA | 107.00° | 73.44° | -59.14° | 79.11° | 122.23° | 16.21Å | 1.8 |
1mwa_BA | 104.83° | 72.25° | -59.58° | 77.40° | 122.34° | 16.58Å | 1.9 |
7rm4_DE | 103.90° | 73.60° | -60.63° | 78.47° | 122.02° | 16.02Å | 2.4 |
3vxq_ED | 104.46° | 72.25° | -61.43° | 79.41° | 121.34° | 15.85Å | 2.4 |
5ks9_FE | 104.05° | 73.02° | -60.27° | 79.68° | 123.11° | 15.88Å | 2.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 5.4 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 5.5 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 5.7 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.3 |
4lsu_HL | 111.10° | 73.33° | -58.24° | 79.79° | 118.78° | 15.82Å | 6.5 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | Q |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | SIYRYYGL |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | I | M |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSGFASALT | None | 10 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.52° |
BC1 | 72.37° |
BA | -60.12° |
AC2 | 78.00° |
AC1 | 121.40° |
dc | 16.31Å |
Docking angle | 23.56° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7rm4_ST | 104.23° | 72.87° | -60.50° | 77.34° | 122.23° | 16.36Å | 1.3 |
1mwa_BA | 104.83° | 72.25° | -59.58° | 77.40° | 122.34° | 16.58Å | 1.3 |
7rm4_DE | 103.90° | 73.60° | -60.63° | 78.47° | 122.02° | 16.02Å | 1.7 |
3vxq_ED | 104.46° | 72.25° | -61.43° | 79.41° | 121.34° | 15.85Å | 2.0 |
7rm4_IJ | 104.11° | 74.07° | -60.18° | 78.44° | 122.39° | 16.02Å | 2.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.6 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 6.7 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.8 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 7.0 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 7.2 |