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Structure of the 2C/Kb/Dev8 complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 2ckb |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | EQYKFYSV |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | H | L |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
|
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSGFASALT | None | 10 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.00° |
BC1 | 73.44° |
BA | -59.14° |
AC2 | 79.11° |
AC1 | 122.23° |
dc | 16.21Å |
Docking angle | 22.69° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1g6r_BA | 105.58° | 72.55° | -59.43° | 78.98° | 121.63° | 16.41Å | 1.8 |
7n1d_BA | 106.38° | 73.76° | -59.21° | 80.80° | 122.66° | 16.29Å | 1.9 |
7pbe_ED | 106.19° | 72.72° | -57.80° | 79.41° | 123.62° | 16.51Å | 2.3 |
8i5c_YX | 106.49° | 73.15° | -60.25° | 78.11° | 124.04° | 16.56Å | 2.4 |
8i5c_sr | 106.29° | 72.86° | -60.56° | 78.49° | 123.86° | 16.65Å | 2.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 4.7 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 4.8 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 5.1 |
4lsu_HL | 111.10° | 73.33° | -58.24° | 79.79° | 118.78° | 15.82Å | 5.5 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 5.5 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | Q |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | EQYKFYSV |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | I | M |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSGFASALT | None | 10 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.12° |
BC1 | 72.74° |
BA | -58.19° |
AC2 | 78.24° |
AC1 | 122.91° |
dc | 16.16Å |
Docking angle | 21.48° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7pbe_ED | 106.19° | 72.72° | -57.80° | 79.41° | 123.62° | 16.51Å | 1.7 |
3qeu_BA | 106.82° | 71.63° | -59.08° | 77.04° | 122.60° | 16.48Å | 1.9 |
8wul_FE | 108.86° | 72.41° | -59.28° | 78.09° | 123.49° | 16.57Å | 2.2 |
4nhu_DC | 106.20° | 72.62° | -57.60° | 76.51° | 123.48° | 16.53Å | 2.2 |
8dnt_IH | 107.67° | 72.60° | -59.28° | 77.90° | 124.75° | 16.64Å | 2.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 5.4 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 5.8 |
5ggt_HL | 112.17° | 73.19° | -56.75° | 79.87° | 120.94° | 16.41Å | 5.9 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 6.0 |
4lsu_HL | 111.10° | 73.33° | -58.24° | 79.79° | 118.78° | 15.82Å | 6.0 |