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Structure of a High-affinity Mutant of the 2C TCR in complex with Ld/Ql9
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 2e7l |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.5Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | C |
| VA chain | B |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | P |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | QLSPFPFDL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | NA |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | C | FASTA file |
|
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| VA | B | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AVSHQGRYLT | None | 10 |
| CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
| CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.72° |
| BC1 | 71.98° |
| BA | -59.47° |
| AC2 | 80.72° |
| AC1 | 125.33° |
| dc | 16.84Å |
| Docking angle | 45.54° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3e3q_NM | 103.85° | 71.84° | -59.79° | 81.45° | 125.08° | 16.85Å | 1.2 |
| 2oi9_CB | 104.42° | 72.96° | -60.02° | 81.13° | 125.10° | 16.47Å | 1.3 |
| 3e3q_ED | 103.32° | 72.06° | -59.90° | 80.87° | 125.10° | 16.80Å | 1.5 |
| 4x6d_FE | 104.85° | 71.59° | -60.25° | 80.32° | 124.25° | 16.92Å | 1.5 |
| 4pj7_HG | 105.25° | 72.70° | -59.22° | 80.59° | 124.15° | 16.85Å | 1.5 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 6.7 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.2 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 7.2 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.5 |
| 5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 7.7 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | Q |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | QLSPFPFDL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | E | NA |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AVSHQGRYLT | None | 10 |
| CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
| CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.46° |
| BC1 | 72.58° |
| BA | -58.01° |
| AC2 | 82.08° |
| AC1 | 125.57° |
| dc | 16.65Å |
| Docking angle | 44.91° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6vrm_ED | 103.62° | 72.56° | -58.21° | 82.07° | 124.91° | 17.13Å | 0.9 |
| 5jzi_JI | 103.64° | 71.67° | -57.46° | 81.83° | 125.91° | 16.54Å | 1.2 |
| 6vth_BA | 102.74° | 71.64° | -57.94° | 81.95° | 125.13° | 17.18Å | 1.4 |
| 5yxn_BA | 103.61° | 72.46° | -58.14° | 80.52° | 125.75° | 16.26Å | 1.6 |
| 6dfx_JI | 101.90° | 71.93° | -57.72° | 82.26° | 125.04° | 16.30Å | 1.8 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.4 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 7.5 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 7.6 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 7.7 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.0 |