Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
Structure of the 2C/Ld/Ql9 allogeneic complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 2oi9 |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.35Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | C |
| VA chain | B |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | Q |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | QLSPFPFDL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | NA |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | C | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VA | B | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AVSGFASALT | None | 10 |
| CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
| CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.42° |
| BC1 | 72.96° |
| BA | -60.02° |
| AC2 | 81.13° |
| AC1 | 125.10° |
| dc | 16.47Å |
| Docking angle | 48.24° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2e7l_CB | 104.72° | 71.98° | -59.47° | 80.72° | 125.33° | 16.84Å | 1.3 |
| 3e3q_NM | 103.85° | 71.84° | -59.79° | 81.45° | 125.08° | 16.85Å | 1.4 |
| 6puk_ED | 103.74° | 72.74° | -60.61° | 80.55° | 124.32° | 16.82Å | 1.4 |
| 3e3q_ED | 103.32° | 72.06° | -59.90° | 80.87° | 125.10° | 16.80Å | 1.5 |
| 5d5m_HG | 104.87° | 72.45° | -60.33° | 80.50° | 124.02° | 16.77Å | 1.5 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 6.9 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.2 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.4 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.6 |
| 5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 7.7 |