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Crystal Structure of Bm3.3 Scfv TCR in complex with Pbm8-H-2Kbm8 MHC Class I Molecule
Item | Info |
---|---|
PDB | 2ol3 |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.9Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV1/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV16/TRAJ32 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | SQYYYNSL |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | H | L |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | TCSADRVGNTLY | None | 12 |
CDRB2 | LRSPGD | B2-6-C | 6 |
CDRB1 | NSQYPW | B1-6-A | 6 |
CDRA3 | AMRGDYGGSGNKLI | None | 14 |
CDRA2 | QDSYKKEN | None | 8 |
CDRA1 | TQDSSYF | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.98° |
BC1 | 81.05° |
BA | -60.16° |
AC2 | 83.86° |
AC1 | 123.09° |
dc | 15.17Å |
Docking angle | 42.31° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1nam_BA | 106.13° | 79.79° | -59.22° | 84.36° | 122.75° | 15.08Å | 2.5 |
3uts_ED | 109.15° | 79.11° | -59.05° | 83.20° | 121.82° | 15.95Å | 3.0 |
3uts_JI | 108.87° | 79.90° | -58.16° | 82.82° | 121.85° | 15.91Å | 3.0 |
6dfq_HG | 106.37° | 78.88° | -59.70° | 82.62° | 121.42° | 15.08Å | 3.4 |
5c07_JI | 111.32° | 79.91° | -60.76° | 81.71° | 122.19° | 15.85Å | 4.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1dlf_HL | 110.03° | 78.05° | -59.13° | 79.41° | 118.65° | 15.73Å | 7.4 |
4jkp_HL | 113.93° | 77.37° | -58.92° | 82.11° | 124.47° | 15.16Å | 7.4 |
1cl7_HL | 111.63° | 74.67° | -60.00° | 82.67° | 121.69° | 16.39Å | 7.7 |
3u7y_HL | 113.61° | 76.93° | -60.36° | 81.15° | 125.35° | 15.13Å | 7.8 |
5jxa_HL | 113.80° | 75.84° | -58.79° | 84.76° | 121.40° | 15.72Å | 8.2 |