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Crystal Structure of the Rl42 TCR Unliganded
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3skn |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.9Å |
| Number of TCRs | 4 |
This PDB has 4 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGQGNFDIQY | None | 11 |
| CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | VVRAGKLI | None | 8 |
| CDRA2 | VYSSG | None | 5 |
| CDRA1 | NSASQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.01° |
| BC1 | 72.31° |
| BA | -64.04° |
| AC2 | 78.70° |
| AC1 | 122.99° |
| dc | 16.96Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6lir_DC | 103.55° | 71.82° | -63.77° | 78.79° | 122.98° | 16.32Å | 1.0 |
| 5d7i_FE | 103.88° | 72.92° | -63.55° | 78.71° | 122.94° | 16.52Å | 1.3 |
| 4pjf_FE | 103.84° | 73.06° | -64.49° | 79.39° | 123.23° | 16.53Å | 1.5 |
| 5d7j_BA | 103.93° | 72.68° | -63.07° | 79.25° | 122.97° | 16.57Å | 1.5 |
| 4pjh_HG | 103.29° | 73.34° | -63.14° | 79.06° | 123.01° | 16.41Å | 1.5 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.9 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.9 |
| 3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 7.1 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.2 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.6 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGQGNFDIQY | None | 11 |
| CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | VVRAGKLI | None | 8 |
| CDRA2 | VYSSG | None | 5 |
| CDRA1 | NSASQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.73° |
| BC1 | 73.20° |
| BA | -63.62° |
| AC2 | 75.26° |
| AC1 | 124.51° |
| dc | 17.21Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6c68_DC | 102.80° | 73.30° | -62.91° | 75.73° | 125.94° | 16.59Å | 2.0 |
| 6uz1_ED | 103.15° | 73.02° | -61.74° | 74.37° | 123.46° | 16.24Å | 2.6 |
| 4x6b_DC | 105.38° | 72.98° | -64.44° | 74.90° | 122.21° | 16.55Å | 3.0 |
| 2xn9_BA | 105.51° | 72.32° | -61.82° | 74.17° | 124.46° | 16.45Å | 3.0 |
| 4grm_BA | 104.75° | 74.22° | -61.93° | 76.60° | 123.01° | 16.23Å | 3.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 5.6 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 7.7 |
| 4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 8.2 |
| 1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 8.8 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 9.0 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | E |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | E | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGQGNFDIQY | None | 11 |
| CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | VVRAGKLI | None | 8 |
| CDRA2 | VYSSG | None | 5 |
| CDRA1 | NSASQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 101.54° |
| BC1 | 70.96° |
| BA | -60.76° |
| AC2 | 82.11° |
| AC1 | 121.75° |
| dc | 17.03Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4e41_ED | 102.89° | 73.20° | -60.14° | 80.58° | 122.38° | 15.80Å | 3.4 |
| 4pjh_FE | 102.76° | 73.09° | -60.93° | 80.51° | 123.55° | 16.56Å | 3.5 |
| 4pja_FE | 102.90° | 72.45° | -60.92° | 80.29° | 123.91° | 16.77Å | 3.5 |
| 3sjv_ON | 102.32° | 71.44° | -60.23° | 85.39° | 122.65° | 17.19Å | 3.6 |
| 7t2d_ED | 102.83° | 73.36° | -58.93° | 80.80° | 122.46° | 16.08Å | 3.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.0 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 8.3 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 8.6 |
| 5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 8.7 |
| 4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 8.7 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | H |
| VA chain | G |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | H | FASTA file |
|
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| VA | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGQGNFDIQY | None | 11 |
| CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | VVRAGKLI | None | 8 |
| CDRA2 | VYSSG | None | 5 |
| CDRA1 | NSASQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 101.86° |
| BC1 | 71.18° |
| BA | -62.76° |
| AC2 | 80.79° |
| AC1 | 123.11° |
| dc | 17.06Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6ovn_BA | 102.95° | 70.15° | -62.53° | 80.41° | 124.25° | 16.00Å | 2.2 |
| 3sjv_JI | 102.43° | 71.16° | -60.88° | 79.59° | 124.34° | 17.17Å | 2.6 |
| 4pjf_HG | 103.12° | 73.06° | -61.65° | 79.97° | 123.64° | 16.66Å | 2.7 |
| 4pja_FE | 102.90° | 72.45° | -60.92° | 80.29° | 123.91° | 16.77Å | 2.7 |
| 6pue_ED | 103.27° | 72.77° | -61.54° | 80.49° | 124.09° | 16.73Å | 2.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.8 |
| 3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 7.9 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 8.7 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 8.8 |
| 5te6_HL | 110.27° | 71.02° | -62.37° | 82.91° | 121.25° | 16.49Å | 8.9 |