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Structural Basis For the Recognition of Mutant Self By a Tumor-Specific, MHC Class Ii-Restricted T Cell Receptor G4
Item | Info |
---|---|
PDB | 4e41 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.6Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV5/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV22/TRAJ18 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | GELIGILNAAKVPAD |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSQIRETQY | None | 10 |
CDRB2 | YDEGEE | None | 6 |
CDRB1 | SGHTS | None | 5 |
CDRA3 | AVDRGSTLGRLY | None | 12 |
CDRA2 | IPSGT | None | 5 |
CDRA1 | DSVNN | A1-5-B | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.89° |
BC1 | 73.20° |
BA | -60.14° |
AC2 | 80.58° |
AC1 | 122.38° |
dc | 15.80Å |
Docking angle | 44.90° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7t2d_ED | 102.83° | 73.36° | -58.93° | 80.80° | 122.46° | 16.08Å | 1.3 |
4pjh_FE | 102.76° | 73.09° | -60.93° | 80.51° | 123.55° | 16.56Å | 1.6 |
5ks9_HG | 103.96° | 73.13° | -60.30° | 79.64° | 123.33° | 15.94Å | 1.7 |
5ks9_FE | 104.05° | 73.02° | -60.27° | 79.68° | 123.11° | 15.88Å | 1.7 |
6pug_ED | 103.58° | 72.88° | -60.35° | 80.20° | 123.58° | 16.68Å | 1.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.5 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.6 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 7.7 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 7.8 |
5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 8.0 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV5/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV22/TRAJ18 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | GELIGILNAAKVPAD |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSQIRETQY | None | 10 |
CDRB2 | YDEGEE | None | 6 |
CDRB1 | SGHTS | None | 5 |
CDRA3 | AVDRGSTLGRLY | None | 12 |
CDRA2 | IPSGT | None | 5 |
CDRA1 | DSVNN | A1-5-B | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.17° |
BC1 | 72.49° |
BA | -61.09° |
AC2 | 80.01° |
AC1 | 122.69° |
dc | 15.78Å |
Docking angle | 45.68° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5ks9_FE | 104.05° | 73.02° | -60.27° | 79.68° | 123.11° | 15.88Å | 1.1 |
5d7i_HG | 104.30° | 72.61° | -60.75° | 80.03° | 123.42° | 16.67Å | 1.2 |
5ks9_HG | 103.96° | 73.13° | -60.30° | 79.64° | 123.33° | 15.94Å | 1.3 |
6pug_ED | 103.58° | 72.88° | -60.35° | 80.20° | 123.58° | 16.68Å | 1.6 |
3vxq_ED | 104.46° | 72.25° | -61.43° | 79.41° | 121.34° | 15.85Å | 1.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.4 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.6 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.8 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.9 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 7.1 |