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Structural Basis For the Recognition of Mutant Self By a Tumor-Specific, MHC Class Ii-Restricted T Cell Receptor G4
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4e41 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.6Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV22/TRAJ18 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | GELIGILNAAKVPAD |
| Antigen Length | 15 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSQIRETQY | None | 10 |
| CDRB2 | YDEGEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGHTS | None | 5 |
| CDRA3 | AVDRGSTLGRLY | None | 12 |
| CDRA2 | IPSGT | None | 5 |
| CDRA1 | DSVNN | A1-5-B | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 102.89° |
| BC1 | 73.20° |
| BA | -60.14° |
| AC2 | 80.58° |
| AC1 | 122.38° |
| dc | 15.80Å |
| Docking angle | 44.90° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7t2d_ED | 102.83° | 73.36° | -58.93° | 80.80° | 122.46° | 16.08Å | 1.3 |
| 4pjh_FE | 102.76° | 73.09° | -60.93° | 80.51° | 123.55° | 16.56Å | 1.6 |
| 5ks9_HG | 103.96° | 73.13° | -60.30° | 79.64° | 123.33° | 15.94Å | 1.7 |
| 5ks9_FE | 104.05° | 73.02° | -60.27° | 79.68° | 123.11° | 15.88Å | 1.7 |
| 6pug_ED | 103.58° | 72.88° | -60.35° | 80.20° | 123.58° | 16.68Å | 1.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.5 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.6 |
| 4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 7.7 |
| 3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 7.8 |
| 5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 8.0 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV22/TRAJ18 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | GELIGILNAAKVPAD |
| Antigen Length | 15 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSQIRETQY | None | 10 |
| CDRB2 | YDEGEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGHTS | None | 5 |
| CDRA3 | AVDRGSTLGRLY | None | 12 |
| CDRA2 | IPSGT | None | 5 |
| CDRA1 | DSVNN | A1-5-B | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.17° |
| BC1 | 72.49° |
| BA | -61.09° |
| AC2 | 80.01° |
| AC1 | 122.69° |
| dc | 15.78Å |
| Docking angle | 45.68° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5ks9_FE | 104.05° | 73.02° | -60.27° | 79.68° | 123.11° | 15.88Å | 1.1 |
| 5d7i_HG | 104.30° | 72.61° | -60.75° | 80.03° | 123.42° | 16.67Å | 1.2 |
| 5ks9_HG | 103.96° | 73.13° | -60.30° | 79.64° | 123.33° | 15.94Å | 1.3 |
| 6pug_ED | 103.58° | 72.88° | -60.35° | 80.20° | 123.58° | 16.68Å | 1.6 |
| 3vxq_ED | 104.46° | 72.25° | -61.43° | 79.41° | 121.34° | 15.85Å | 1.6 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.4 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.6 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.8 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.9 |
| 4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 7.1 |