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Crystal Structure of the Hy19.3 Type Ii Nkt TCR
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4elk |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.1Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV3/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ26 |
| Species | mouse |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSFWGAYAEQF | None | 12 |
| CDRB2 | FYNGKV | None | 6 |
| CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
| CDRA3 | AASEQNNYAQGLT | None | 13 |
| CDRA2 | IFSDGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRNFQY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.77° |
| BC1 | 71.69° |
| BA | -67.56° |
| AC2 | 81.33° |
| AC1 | 124.76° |
| dc | 16.38Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4ei6_DC | 105.99° | 71.66° | -68.94° | 79.57° | 124.58° | 16.60Å | 2.3 |
| 8vz8_DC | 105.58° | 71.75° | -65.27° | 80.76° | 124.60° | 16.54Å | 2.4 |
| 8i5d_BA | 105.56° | 71.73° | -65.25° | 81.36° | 126.32° | 16.74Å | 2.8 |
| 2nw2_BA | 105.62° | 72.42° | -66.59° | 78.59° | 124.81° | 16.89Å | 3.0 |
| 4ei5_DC | 107.74° | 72.25° | -65.83° | 82.73° | 124.47° | 16.93Å | 3.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 5.1 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 5.8 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.9 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 7.2 |
| 4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 7.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV3/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ26 |
| Species | mouse |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSFWGAYAEQF | None | 12 |
| CDRB2 | FYNGKV | None | 6 |
| CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
| CDRA3 | AASEQNNYAQGLT | None | 13 |
| CDRA2 | IFSDGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRNFQY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.78° |
| BC1 | 73.08° |
| BA | -62.74° |
| AC2 | 78.08° |
| AC1 | 121.76° |
| dc | 16.21Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7l1d_ED | 108.17° | 74.45° | -61.05° | 77.10° | 121.46° | 15.99Å | 2.4 |
| 8i5c_ED | 106.34° | 73.41° | -61.79° | 78.05° | 123.49° | 16.53Å | 2.5 |
| 8i5c_ON | 106.07° | 73.01° | -62.27° | 78.18° | 123.80° | 16.59Å | 2.7 |
| 8i5c_TS | 106.08° | 73.18° | -62.04° | 77.86° | 123.65° | 16.53Å | 2.7 |
| 8wul_BA | 109.40° | 71.92° | -61.55° | 77.83° | 123.26° | 16.56Å | 2.8 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 3.7 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 4.0 |
| 1a14_HL | 111.19° | 71.80° | -62.57° | 80.63° | 120.44° | 15.78Å | 4.7 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 4.7 |
| 5f9w_HL | 110.50° | 73.01° | -61.98° | 80.06° | 118.29° | 16.39Å | 4.9 |