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the Crystal Structure of the High affinity TCR a6
Item | Info |
---|---|
PDB | 4grm |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ24 |
Species | human |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASRPGLMSAQPEQY | None | 14 |
CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVTTDSWGKLQ | A3-11-C | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.75° |
BC1 | 74.22° |
BA | -61.93° |
AC2 | 76.60° |
AC1 | 123.01° |
dc | 16.23Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5e9d_JI | 105.66° | 74.72° | -62.56° | 77.24° | 123.77° | 16.37Å | 1.6 |
7rm4_NO | 105.38° | 74.83° | -61.30° | 76.97° | 121.77° | 15.91Å | 1.7 |
4x6c_FE | 105.64° | 72.65° | -62.07° | 76.83° | 123.03° | 16.49Å | 1.8 |
8i5c_xw | 104.72° | 73.58° | -61.00° | 78.00° | 123.40° | 16.40Å | 1.8 |
3qh3_DC | 103.38° | 73.21° | -61.36° | 77.35° | 122.64° | 16.34Å | 2.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 5.7 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.5 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 7.7 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.9 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 8.0 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ24 |
Species | human |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
|
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASRPGLMSAQPEQY | None | 14 |
CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVTTDSWGKLQ | A3-11-C | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.08° |
BC1 | 75.19° |
BA | -60.89° |
AC2 | 76.33° |
AC1 | 122.81° |
dc | 16.09Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7rm4_NO | 105.38° | 74.83° | -61.30° | 76.97° | 121.77° | 15.91Å | 1.4 |
3qh3_BA | 105.57° | 74.49° | -59.76° | 76.29° | 122.79° | 16.23Å | 1.4 |
5e9d_JI | 105.66° | 74.72° | -62.56° | 77.24° | 123.77° | 16.37Å | 2.3 |
8i5c_xw | 104.72° | 73.58° | -61.00° | 78.00° | 123.40° | 16.40Å | 2.4 |
8i5c_ih | 105.31° | 73.72° | -61.21° | 78.32° | 123.59° | 16.43Å | 2.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.5 |
1n4x_HL | 110.31° | 76.00° | -65.51° | 77.43° | 122.43° | 15.84Å | 7.1 |
1dlf_HL | 110.03° | 78.05° | -59.13° | 79.41° | 118.65° | 15.73Å | 7.9 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 8.0 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 8.1 |