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TCR interaction with Peptide Mimics of Nickel offers Structural insights in Nickel Contact allergy
Item | Info |
---|---|
PDB | 4h1l |
Organism | UNKNOWN |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.3Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV19/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV8/TRAJ37 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | F |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | ESCHERICHIA COLI |
Antigen Sequence | QHIRCNIPKRISA |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | D | E |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB3*0301 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLRDGYTGELF | None | 13 |
CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
CDRA3 | AVGASGNTGKLI | None | 12 |
CDRA2 | YFSGDTLV | None | 8 |
CDRA1 | YGATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.73° |
BC1 | 72.35° |
BA | -61.12° |
AC2 | 79.48° |
AC1 | 125.31° |
dc | 16.34Å |
Docking angle | 55.26° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3sjv_TS | 102.96° | 72.18° | -61.91° | 80.10° | 125.49° | 16.90Å | 1.2 |
8ye4_HG | 102.01° | 71.76° | -60.96° | 79.15° | 124.91° | 17.07Å | 1.3 |
4pja_FE | 102.90° | 72.45° | -60.92° | 80.29° | 123.91° | 16.77Å | 1.7 |
6pvd_ED | 103.64° | 72.87° | -61.17° | 80.00° | 123.99° | 16.75Å | 1.8 |
3sjv_JI | 102.43° | 71.16° | -60.88° | 79.59° | 124.34° | 17.17Å | 1.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 8.7 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 8.9 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 9.0 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 9.1 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.1 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV19/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV8/TRAJ37 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | ESCHERICHIA COLI |
Antigen Sequence | QHIRCNIPKRISA |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB3*0301 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLRDGYTGELF | None | 13 |
CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
CDRA3 | AVGASGNTGKLI | None | 12 |
CDRA2 | YFSGDTLV | None | 8 |
CDRA1 | YGATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 101.40° |
BC1 | 72.39° |
BA | -61.09° |
AC2 | 79.28° |
AC1 | 124.96° |
dc | 16.29Å |
Docking angle | 55.24° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
8ye4_HG | 102.01° | 71.76° | -60.96° | 79.15° | 124.91° | 17.07Å | 1.2 |
3rev_BA | 101.29° | 71.79° | -60.65° | 78.74° | 124.05° | 16.31Å | 1.3 |
8ye4_JI | 102.33° | 71.38° | -60.49° | 78.95° | 124.12° | 17.10Å | 1.9 |
3sjv_JI | 102.43° | 71.16° | -60.88° | 79.59° | 124.34° | 17.17Å | 2.0 |
3sjv_TS | 102.96° | 72.18° | -61.91° | 80.10° | 125.49° | 16.90Å | 2.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 9.6 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.6 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 9.9 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 10.0 |