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Structure of Human Mait TCR in complex with Human Mr1-6-Fp
Item | Info |
---|---|
PDB | 4l4t |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 2-AMINO-4-OXO-3,4-DIHYDROPTERIDINE-6-CARBALDEHYDE |
Antigen residue | 6FP |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | F |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.11° |
BC1 | 74.00° |
BA | -64.91° |
AC2 | 78.57° |
AC1 | 122.62° |
dc | 16.50Å |
Docking angle | 62.05° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6pud_HG | 104.03° | 73.84° | -64.65° | 78.70° | 122.77° | 16.49Å | 0.4 |
5u6q_ED | 103.89° | 74.02° | -64.85° | 78.65° | 122.86° | 16.42Å | 0.4 |
4nqe_ED | 103.94° | 73.92° | -64.91° | 79.02° | 122.86° | 16.52Å | 0.5 |
6w9v_HG | 103.88° | 74.00° | -65.10° | 78.42° | 123.01° | 16.49Å | 0.5 |
6puj_GB | 103.85° | 73.94° | -64.58° | 78.91° | 122.95° | 16.51Å | 0.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.0 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.2 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.3 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.6 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.9 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 2-AMINO-4-OXO-3,4-DIHYDROPTERIDINE-6-CARBALDEHYDE |
Antigen residue | 6FP |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.34° |
BC1 | 73.33° |
BA | -61.42° |
AC2 | 80.83° |
AC1 | 123.97° |
dc | 16.75Å |
Docking angle | 58.57° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4pjb_FE | 104.39° | 73.49° | -61.27° | 80.59° | 123.72° | 16.55Å | 0.5 |
4pjg_HG | 104.58° | 73.37° | -61.10° | 81.28° | 123.99° | 16.74Å | 0.6 |
6pui_ED | 104.03° | 73.34° | -61.07° | 80.52° | 123.97° | 16.69Å | 0.6 |
6pud_ED | 103.98° | 73.06° | -61.14° | 80.62° | 123.93° | 16.69Å | 0.6 |
4nqe_HG | 103.90° | 73.12° | -61.72° | 80.47° | 123.95° | 16.72Å | 0.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.4 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.8 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.9 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 7.1 |
5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 7.3 |