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Crystal Structure of TCR-Mr1 Ternary complex Bound to 5-(2-Oxoethylideneamino)-6-D-Ribitylaminouracil
Item | Info |
---|---|
PDB | 4nqe |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.1Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-(2-oxoethylidene)amino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol |
Antigen residue | 2L4 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | F |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.94° |
BC1 | 73.92° |
BA | -64.91° |
AC2 | 79.02° |
AC1 | 122.86° |
dc | 16.52Å |
Docking angle | 61.79° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6puc_HG | 104.22° | 73.84° | -64.95° | 79.12° | 122.99° | 16.51Å | 0.3 |
6w9u_HG | 103.79° | 73.99° | -64.96° | 78.82° | 123.06° | 16.43Å | 0.3 |
6puj_GB | 103.85° | 73.94° | -64.58° | 78.91° | 122.95° | 16.51Å | 0.4 |
6pud_HG | 104.03° | 73.84° | -64.65° | 78.70° | 122.77° | 16.49Å | 0.4 |
5u6q_ED | 103.89° | 74.02° | -64.85° | 78.65° | 122.86° | 16.42Å | 0.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 5.8 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.2 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.5 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.0 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.0 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-(2-oxoethylidene)amino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol |
Antigen residue | 2L4 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.90° |
BC1 | 73.12° |
BA | -61.72° |
AC2 | 80.47° |
AC1 | 123.95° |
dc | 16.72Å |
Docking angle | 59.34° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6puc_ED | 103.81° | 73.18° | -61.75° | 80.40° | 124.02° | 16.71Å | 0.1 |
6puh_ED | 103.56° | 73.12° | -61.50° | 80.50° | 123.88° | 16.73Å | 0.4 |
6pul_ED | 103.91° | 73.05° | -61.18° | 80.49° | 123.92° | 16.74Å | 0.5 |
6w9v_ED | 103.85° | 73.20° | -61.34° | 80.33° | 123.69° | 16.71Å | 0.5 |
6puj_ED | 103.49° | 73.27° | -61.46° | 80.55° | 123.73° | 16.75Å | 0.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.6 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.2 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 7.2 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.3 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.4 |