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Structure of Human Mr1-5-Op-Ru in complex with Human Mait B-F3-C1 TCR
Item | Info |
---|---|
PDB | 4pjb |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.85Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 1-DEOXY-1-({2,6-DIOXO-5-[(E)-(2-OXOPROPYLIDENE)AMINO]-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-D-RIBITOL |
Antigen residue | 2LJ |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSETDPNTGELF | None | 13 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | ASIDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.39° |
BC1 | 73.49° |
BA | -61.27° |
AC2 | 80.59° |
AC1 | 123.72° |
dc | 16.55Å |
Docking angle | 56.93° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4l4t_HG | 104.34° | 73.33° | -61.42° | 80.83° | 123.97° | 16.75Å | 0.5 |
6pui_ED | 104.03° | 73.34° | -61.07° | 80.52° | 123.97° | 16.69Å | 0.5 |
6pul_ED | 103.91° | 73.05° | -61.18° | 80.49° | 123.92° | 16.74Å | 0.7 |
6w9v_ED | 103.85° | 73.20° | -61.34° | 80.33° | 123.69° | 16.71Å | 0.7 |
6pud_ED | 103.98° | 73.06° | -61.14° | 80.62° | 123.93° | 16.69Å | 0.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.4 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.6 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.9 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 7.1 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.2 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 1-DEOXY-1-({2,6-DIOXO-5-[(E)-(2-OXOPROPYLIDENE)AMINO]-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-D-RIBITOL |
Antigen residue | 2LJ |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSETDPNTGELF | None | 13 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | ASIDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.30° |
BC1 | 73.78° |
BA | -63.84° |
AC2 | 79.41° |
AC1 | 123.20° |
dc | 16.49Å |
Docking angle | 58.54° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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4pjg_FE | 104.74° | 74.03° | -63.43° | 80.23° | 123.23° | 16.55Å | 1.1 |
5u17_ED | 104.39° | 73.83° | -64.46° | 78.84° | 123.15° | 16.51Å | 1.2 |
5d5m_FE | 104.63° | 72.97° | -63.14° | 79.47° | 123.36° | 16.58Å | 1.3 |
5jhd_ED | 104.54° | 74.46° | -63.29° | 79.67° | 123.55° | 16.01Å | 1.3 |
6pug_HG | 104.46° | 73.79° | -63.36° | 78.77° | 122.39° | 16.54Å | 1.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 5.2 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 5.4 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.7 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.6 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.8 |