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Structure of Human Mr1-5-Op-Ru in complex with Human Mait C-a11 TCR
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4pjc |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.5Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | E |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | A | A |
| Antigen Type | Unknown |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen name | 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL; 1-DEOXY-1-({2,6-DIOXO-5-[(E)-(2-OXOPROPYLIDENE)AMINO]-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-D-RIBITOL |
| Antigen residue | B3P | 2LJ |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MR1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | MR1*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | E | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSAAVEGGNTIY | None | 13 |
| CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
| CDRA3 | AVRDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
| CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 102.47° |
| BC1 | 72.37° |
| BA | -59.74° |
| AC2 | 79.13° |
| AC1 | 123.72° |
| dc | 16.65Å |
| Docking angle | 59.92° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7ow6_ED | 102.49° | 72.80° | -58.89° | 79.33° | 124.44° | 16.95Å | 1.2 |
| 8ye4_JI | 102.33° | 71.38° | -60.49° | 78.95° | 124.12° | 17.10Å | 1.4 |
| 6pug_ED | 103.58° | 72.88° | -60.35° | 80.20° | 123.58° | 16.68Å | 1.7 |
| 3rev_BA | 101.29° | 71.79° | -60.65° | 78.74° | 124.05° | 16.31Å | 1.7 |
| 4pji_HG | 102.90° | 73.29° | -61.00° | 79.63° | 123.90° | 16.81Å | 1.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.5 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 8.6 |
| 4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 9.0 |
| 3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 9.0 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 9.0 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | H |
| VA chain | G |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C | C |
| Antigen Type | Unknown |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen name | 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL; 1-DEOXY-1-({2,6-DIOXO-5-[(E)-(2-OXOPROPYLIDENE)AMINO]-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-D-RIBITOL |
| Antigen residue | B3P | 2LJ |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | MR1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | MR1*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | H | FASTA file |
|
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| VA | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSAAVEGGNTIY | None | 13 |
| CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
| CDRA3 | AVRDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
| CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.15° |
| BC1 | 72.48° |
| BA | -61.53° |
| AC2 | 78.37° |
| AC1 | 123.38° |
| dc | 16.57Å |
| Docking angle | 61.48° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3qh3_DC | 103.38° | 73.21° | -61.36° | 77.35° | 122.64° | 16.34Å | 1.5 |
| 8i5c_nm | 104.21° | 72.97° | -60.48° | 78.59° | 123.50° | 16.53Å | 1.6 |
| 6pvc_FE | 103.37° | 72.87° | -61.55° | 79.93° | 123.71° | 16.68Å | 1.7 |
| 4pjf_HG | 103.12° | 73.06° | -61.65° | 79.97° | 123.64° | 16.66Å | 1.7 |
| 4pji_HG | 102.90° | 73.29° | -61.00° | 79.63° | 123.90° | 16.81Å | 1.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.3 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 8.0 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 8.0 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 8.1 |
| 3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 8.5 |