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Structure of Human Mr1-ac-6-Fp in complex with Human Mait B-B10 TCR
Item | Info |
---|---|
PDB | 4pje |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.95Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | N-(6-FORMYL-4-OXO-3,4-DIHYDROPTERIDIN-2-YL)ACETAMIDE |
Antigen residue | 30W |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASTLGQEGQPQH | None | 12 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AGMDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.32° |
BC1 | 72.84° |
BA | -61.50° |
AC2 | 80.80° |
AC1 | 124.28° |
dc | 16.77Å |
Docking angle | 60.35° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6pue_ED | 103.27° | 72.77° | -61.54° | 80.49° | 124.09° | 16.73Å | 0.4 |
6puh_ED | 103.56° | 73.12° | -61.50° | 80.50° | 123.88° | 16.73Å | 0.6 |
6puj_ED | 103.49° | 73.27° | -61.46° | 80.55° | 123.73° | 16.75Å | 0.8 |
6puc_ED | 103.81° | 73.18° | -61.75° | 80.40° | 124.02° | 16.71Å | 0.8 |
4nqe_HG | 103.90° | 73.12° | -61.72° | 80.47° | 123.95° | 16.72Å | 0.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.2 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 7.7 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.8 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.8 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 8.1 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | N-(6-FORMYL-4-OXO-3,4-DIHYDROPTERIDIN-2-YL)ACETAMIDE |
Antigen residue | 30W |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASTLGQEGQPQH | None | 12 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AGMDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.55° |
BC1 | 73.09° |
BA | -65.11° |
AC2 | 78.38° |
AC1 | 123.58° |
dc | 16.64Å |
Docking angle | 60.99° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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5u16_HG | 103.72° | 73.80° | -65.00° | 78.29° | 123.01° | 16.51Å | 0.9 |
4pji_FE | 103.81° | 73.74° | -64.59° | 78.25° | 123.26° | 16.62Å | 0.9 |
4nqd_ED | 103.76° | 73.69° | -64.93° | 78.24° | 122.86° | 16.44Å | 1.0 |
6puf_HG | 104.25° | 73.58° | -65.03° | 78.52° | 123.05° | 16.54Å | 1.0 |
4pjd_HG | 103.27° | 73.44° | -64.37° | 77.96° | 123.23° | 16.53Å | 1.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.4 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.7 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.7 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.1 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.5 |