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Rd-1 Mart-1 High Bound to Mart-1 Decameric Peptide (Ela) in complex with HLA-A2
Item | Info |
---|---|
PDB | 5e9d |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.51Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ24 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | ELAGIGILTV |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASRPGWMAGGVELY | None | 14 |
CDRB2 | SVGVGI | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVTKYSWGKLQ | None | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSTS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.41° |
BC1 | 74.82° |
BA | -65.40° |
AC2 | 79.04° |
AC1 | 122.74° |
dc | 16.37Å |
Docking angle | 41.28° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6puc_HG | 104.22° | 73.84° | -64.95° | 79.12° | 122.99° | 16.51Å | 1.1 |
4nqe_ED | 103.94° | 73.92° | -64.91° | 79.02° | 122.86° | 16.52Å | 1.1 |
7ufj_FE | 104.18° | 74.00° | -65.53° | 78.41° | 123.06° | 16.52Å | 1.1 |
4l4t_ED | 104.11° | 74.00° | -64.91° | 78.57° | 122.62° | 16.50Å | 1.1 |
6w9u_HG | 103.79° | 73.99° | -64.96° | 78.82° | 123.06° | 16.43Å | 1.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 5.5 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.0 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.6 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.9 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.2 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ24 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | ELAGIGILTV |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASRPGWMAGGVELY | None | 14 |
CDRB2 | SVGVGI | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVTKYSWGKLQ | None | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSTS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.66° |
BC1 | 74.72° |
BA | -62.56° |
AC2 | 77.24° |
AC1 | 123.77° |
dc | 16.37Å |
Docking angle | 36.54° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4grm_BA | 104.75° | 74.22° | -61.93° | 76.60° | 123.01° | 16.23Å | 1.6 |
8i5c_TS | 106.08° | 73.18° | -62.04° | 77.86° | 123.65° | 16.53Å | 1.8 |
8i5c_JI | 105.80° | 73.04° | -62.22° | 78.09° | 123.79° | 16.56Å | 1.9 |
8i5c_ED | 106.34° | 73.41° | -61.79° | 78.05° | 123.49° | 16.53Å | 1.9 |
8i5c_ON | 106.07° | 73.01° | -62.27° | 78.18° | 123.80° | 16.59Å | 2.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.2 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.9 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.3 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 7.4 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.5 |