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Crystal Structure of Ls10-TCR/M1-HLA-A*02 complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5jhd |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.46Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV19/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV38/TRAJ52 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | INFLUENZA A VIRUS |
| Antigen Sequence | GILGFVFTL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSIGVYGYT | None | 10 |
| CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
| CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
| CDRA3 | AWGVNAGGTSYGKLT | None | 15 |
| CDRA2 | QEAYKQQN | None | 8 |
| CDRA1 | TSESDYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.54° |
| BC1 | 74.46° |
| BA | -63.29° |
| AC2 | 79.67° |
| AC1 | 123.55° |
| dc | 16.01Å |
| Docking angle | 47.60° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4pjg_FE | 104.74° | 74.03° | -63.43° | 80.23° | 123.23° | 16.55Å | 1.0 |
| 4pjb_HG | 105.30° | 73.78° | -63.84° | 79.41° | 123.20° | 16.49Å | 1.3 |
| 5d5m_FE | 104.63° | 72.97° | -63.14° | 79.47° | 123.36° | 16.58Å | 1.6 |
| 4pjx_HG | 104.62° | 73.12° | -62.91° | 78.97° | 123.27° | 16.44Å | 1.6 |
| 4l8s_BA | 104.35° | 74.03° | -64.51° | 80.22° | 124.30° | 16.34Å | 1.6 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 5.9 |
| 3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.1 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.8 |
| 1n4x_HL | 110.31° | 76.00° | -65.51° | 77.43° | 122.43° | 15.84Å | 6.8 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.2 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV19/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV38/TRAJ52 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | INFLUENZA A VIRUS |
| Antigen Sequence | GILGFVFTL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSIGVYGYT | None | 10 |
| CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
| CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
| CDRA3 | AWGVNAGGTSYGKLT | None | 15 |
| CDRA2 | QEAYKQQN | None | 8 |
| CDRA1 | TSESDYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.08° |
| BC1 | 74.11° |
| BA | -63.27° |
| AC2 | 80.34° |
| AC1 | 123.75° |
| dc | 16.12Å |
| Docking angle | 46.38° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4pjg_FE | 104.74° | 74.03° | -63.43° | 80.23° | 123.23° | 16.55Å | 1.0 |
| 4l8s_BA | 104.35° | 74.03° | -64.51° | 80.22° | 124.30° | 16.34Å | 1.4 |
| 6w9u_ED | 103.85° | 73.38° | -62.07° | 80.26° | 123.65° | 16.64Å | 1.5 |
| 4nqc_ED | 103.49° | 73.33° | -62.17° | 80.28° | 124.02° | 16.70Å | 1.6 |
| 5d5m_FE | 104.63° | 72.97° | -63.14° | 79.47° | 123.36° | 16.58Å | 1.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 5.9 |
| 3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.1 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.1 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.4 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.6 |