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Bel502-Dq8-Glia-alpha1 complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 5ks9 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.55Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV20/TRAJ39 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | I |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | TRITICUM AESTIVUM |
Antigen Sequence | APSGEGSFQPSQENPQ |
Antigen Length | 16 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DQA1*0301 / HLA-DQB1*0302 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVAPGSDTQY | None | 12 |
CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
CDRA3 | AVALNNNAGNMLT | None | 13 |
CDRA2 | LYSAGEE | None | 7 |
CDRA1 | VSGLRG | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.05° |
BC1 | 73.02° |
BA | -60.27° |
AC2 | 79.68° |
AC1 | 123.11° |
dc | 15.88Å |
Docking angle | 38.98° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4e41_JI | 104.17° | 72.49° | -61.09° | 80.01° | 122.69° | 15.78Å | 1.1 |
5d7i_HG | 104.30° | 72.61° | -60.75° | 80.03° | 123.42° | 16.67Å | 1.1 |
6pug_ED | 103.58° | 72.88° | -60.35° | 80.20° | 123.58° | 16.68Å | 1.2 |
8i5c_nm | 104.21° | 72.97° | -60.48° | 78.59° | 123.50° | 16.53Å | 1.4 |
5d7j_HG | 104.60° | 72.67° | -60.32° | 80.40° | 123.64° | 16.71Å | 1.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.8 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.3 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.3 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 7.3 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 7.3 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV20/TRAJ39 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | J |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | TRITICUM AESTIVUM |
Antigen Sequence | APSGEGSFQPSQENPQ |
Antigen Length | 16 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DQA1*0301 / HLA-DQB1*0302 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVAPGSDTQY | None | 12 |
CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
CDRA3 | AVALNNNAGNMLT | None | 13 |
CDRA2 | LYSAGEE | None | 7 |
CDRA1 | VSGLRG | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.96° |
BC1 | 73.13° |
BA | -60.30° |
AC2 | 79.64° |
AC1 | 123.33° |
dc | 15.94Å |
Docking angle | 38.99° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6pug_ED | 103.58° | 72.88° | -60.35° | 80.20° | 123.58° | 16.68Å | 1.1 |
5d7i_HG | 104.30° | 72.61° | -60.75° | 80.03° | 123.42° | 16.67Å | 1.1 |
8i5c_nm | 104.21° | 72.97° | -60.48° | 78.59° | 123.50° | 16.53Å | 1.3 |
4e41_JI | 104.17° | 72.49° | -61.09° | 80.01° | 122.69° | 15.78Å | 1.3 |
5u2v_HG | 103.41° | 73.12° | -60.86° | 80.15° | 123.89° | 16.70Å | 1.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.0 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.4 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.4 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 7.5 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 7.5 |