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Crystal Structure of Gem42 TCR-CD1B-Gmm complex
Item | Info |
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PDB | 5l2k |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.2Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ9 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | E |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 6-O-[(2R,3R)-3-hydroxy-2-tetradecyldocosanoyl]-alpha-L-idopyranose |
Antigen residue | 70E |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1B*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSPRLAGDEQF | None | 12 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVRNTGGFKTI | None | 11 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 104.95° |
BC1 | 72.53° |
BA | -61.54° |
AC2 | 82.30° |
AC1 | 124.36° |
dc | 16.72Å |
Docking angle | 70.12° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6dfx_HG | 104.84° | 72.16° | -61.59° | 81.40° | 124.91° | 16.54Å | 1.1 |
4pjg_HG | 104.58° | 73.37° | -61.10° | 81.28° | 123.99° | 16.74Å | 1.5 |
4l4t_HG | 104.34° | 73.33° | -61.42° | 80.83° | 123.97° | 16.75Å | 1.8 |
6xco_ED | 106.09° | 72.66° | -60.59° | 81.18° | 123.57° | 16.24Å | 2.1 |
6pud_ED | 103.98° | 73.06° | -61.14° | 80.62° | 123.93° | 16.69Å | 2.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 5.9 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.2 |
5te6_HL | 110.27° | 71.02° | -62.37° | 82.91° | 121.25° | 16.49Å | 6.4 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.5 |
5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 6.5 |