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Crystal Structure of Gem42 TCR-CD1B-Gmm complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5l2k |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.2Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV1/TRAJ9 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | E |
| Antigen Type | Hapten |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen name | 6-O-[(2R,3R)-3-hydroxy-2-tetradecyldocosanoyl]-alpha-L-idopyranose |
| Antigen residue | 70E |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | CD1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | CD1B*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSPRLAGDEQF | None | 12 |
| CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVRNTGGFKTI | None | 11 |
| CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
| CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.95° |
| BC1 | 72.53° |
| BA | -61.54° |
| AC2 | 82.30° |
| AC1 | 124.36° |
| dc | 16.72Å |
| Docking angle | 70.12° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6dfx_HG | 104.84° | 72.16° | -61.59° | 81.40° | 124.91° | 16.54Å | 1.1 |
| 4pjg_HG | 104.58° | 73.37° | -61.10° | 81.28° | 123.99° | 16.74Å | 1.5 |
| 4l4t_HG | 104.34° | 73.33° | -61.42° | 80.83° | 123.97° | 16.75Å | 1.8 |
| 6xco_ED | 106.09° | 72.66° | -60.59° | 81.18° | 123.57° | 16.24Å | 2.1 |
| 6pud_ED | 103.98° | 73.06° | -61.14° | 80.62° | 123.93° | 16.69Å | 2.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 5.9 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.2 |
| 5te6_HL | 110.27° | 71.02° | -62.37° | 82.91° | 121.25° | 16.49Å | 6.4 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.5 |
| 5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 6.5 |