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Structure of Human Mr1-2-Oh-1-Na in complex with Human Mait a-F7 TCR
Item | Info |
---|---|
PDB | 5u16 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 2-HYDROXYNAPHTHALENE-1-CARBALDEHYDE |
Antigen residue | 7WO |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.70° |
BC1 | 73.32° |
BA | -60.51° |
AC2 | 80.39° |
AC1 | 124.12° |
dc | 16.73Å |
Docking angle | 59.52° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5u1r_GB | 103.39° | 73.02° | -60.50° | 80.34° | 124.17° | 16.71Å | 0.4 |
5u72_ED | 103.48° | 73.06° | -60.73° | 80.36° | 124.26° | 16.64Å | 0.4 |
5u17_GB | 103.91° | 73.21° | -60.92° | 80.58° | 123.99° | 16.73Å | 0.5 |
4nqd_HG | 103.97° | 73.02° | -60.93° | 80.38° | 124.10° | 16.73Å | 0.6 |
6pum_ED | 103.73° | 73.19° | -60.91° | 80.68° | 123.91° | 16.79Å | 0.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.4 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.5 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.7 |
5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 8.0 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 8.0 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 2-HYDROXYNAPHTHALENE-1-CARBALDEHYDE |
Antigen residue | 7WO |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.72° |
BC1 | 73.80° |
BA | -65.00° |
AC2 | 78.29° |
AC1 | 123.01° |
dc | 16.51Å |
Docking angle | 62.29° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4nqd_ED | 103.76° | 73.69° | -64.93° | 78.24° | 122.86° | 16.44Å | 0.2 |
6w9v_HG | 103.88° | 74.00° | -65.10° | 78.42° | 123.01° | 16.49Å | 0.3 |
5u2v_FE | 103.91° | 73.77° | -64.88° | 78.17° | 122.90° | 16.45Å | 0.3 |
4pj5_ED | 103.60° | 73.84° | -64.76° | 78.26° | 122.83° | 16.43Å | 0.3 |
4lcw_ED | 103.83° | 73.72° | -64.96° | 78.06° | 122.76° | 16.45Å | 0.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.3 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.5 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.6 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.9 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.3 |