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Structure of Human Mr1-3-F-Sa in complex with Human Mait a-F7 TCR
Item | Info |
---|---|
PDB | 5u6q |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.9Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | F |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.89° |
BC1 | 74.02° |
BA | -64.85° |
AC2 | 78.65° |
AC1 | 122.86° |
dc | 16.42Å |
Docking angle | 62.30° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6w9u_HG | 103.79° | 73.99° | -64.96° | 78.82° | 123.06° | 16.43Å | 0.3 |
6pud_HG | 104.03° | 73.84° | -64.65° | 78.70° | 122.77° | 16.49Å | 0.3 |
6puj_GB | 103.85° | 73.94° | -64.58° | 78.91° | 122.95° | 16.51Å | 0.4 |
4nqe_ED | 103.94° | 73.92° | -64.91° | 79.02° | 122.86° | 16.52Å | 0.4 |
4l4t_ED | 104.11° | 74.00° | -64.91° | 78.57° | 122.62° | 16.50Å | 0.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.1 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.5 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.5 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.8 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.1 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | G |
VA chain | B |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | H |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | G | FASTA file |
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VA | B | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.23° |
BC1 | 73.55° |
BA | -61.68° |
AC2 | 80.17° |
AC1 | 123.38° |
dc | 16.61Å |
Docking angle | 59.89° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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4pjf_HG | 103.12° | 73.06° | -61.65° | 79.97° | 123.64° | 16.66Å | 0.6 |
4l4v_HG | 103.17° | 73.47° | -61.96° | 80.33° | 123.80° | 16.77Å | 0.6 |
6puj_ED | 103.49° | 73.27° | -61.46° | 80.55° | 123.73° | 16.75Å | 0.7 |
6puh_ED | 103.56° | 73.12° | -61.50° | 80.50° | 123.88° | 16.73Å | 0.8 |
6pvc_FE | 103.37° | 72.87° | -61.55° | 79.93° | 123.71° | 16.68Å | 0.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.0 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 7.5 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.6 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.9 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 8.0 |