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Human Diabetogenic TCR T1D3 in complex with Dq8-P8E9E Peptide
Item | Info |
---|---|
PDB | 6dfx |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.03Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ23 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DQA1*0301 / HLA-DQB1*0302 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSAGNTIY | None | 9 |
CDRB2 | YFSETQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
CDRA3 | ATDAGYNQGGKLI | None | 13 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.84° |
BC1 | 72.16° |
BA | -61.59° |
AC2 | 81.40° |
AC1 | 124.91° |
dc | 16.54Å |
Docking angle | 35.31° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5l2k_ED | 104.95° | 72.53° | -61.54° | 82.30° | 124.36° | 16.72Å | 1.1 |
4pjg_HG | 104.58° | 73.37° | -61.10° | 81.28° | 123.99° | 16.74Å | 1.6 |
6puf_ED | 104.06° | 72.92° | -61.17° | 80.33° | 124.23° | 16.74Å | 1.7 |
4l4t_HG | 104.34° | 73.33° | -61.42° | 80.83° | 123.97° | 16.75Å | 1.7 |
5d5m_HG | 104.87° | 72.45° | -60.33° | 80.50° | 124.02° | 16.77Å | 1.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.4 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.5 |
5te6_HL | 110.27° | 71.02° | -62.37° | 82.91° | 121.25° | 16.49Å | 6.9 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.9 |
5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 7.0 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ23 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | D | E |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DQA1*0301 / HLA-DQB1*0302 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSAGNTIY | None | 9 |
CDRB2 | YFSETQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
CDRA3 | ATDAGYNQGGKLI | None | 13 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 101.90° |
BC1 | 71.93° |
BA | -57.72° |
AC2 | 82.26° |
AC1 | 125.04° |
dc | 16.30Å |
Docking angle | 34.10° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6vth_BA | 102.74° | 71.64° | -57.94° | 81.95° | 125.13° | 17.18Å | 1.3 |
3e3q_aZ | 100.79° | 72.01° | -58.53° | 82.50° | 126.04° | 16.61Å | 1.7 |
5jzi_ED | 102.19° | 72.02° | -56.92° | 81.33° | 126.33° | 16.63Å | 1.8 |
3e3q_ed | 100.90° | 72.26° | -58.71° | 82.78° | 125.95° | 16.62Å | 1.8 |
3e3q_SR | 100.83° | 72.37° | -58.33° | 83.18° | 125.81° | 16.62Å | 1.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.8 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 8.4 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.6 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.7 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.8 |