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Noncanonical Binding of Single-Chain a6 TCR Variant S3-4 in complex with Tax/HLA-A2
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6uz1 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.14Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ24 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | LLFGYPVYV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASRPGAAGGRPELY | None | 14 |
| CDRB2 | SVGVGI | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVTTDRSGKLQ | None | 11 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | IRSSTS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.15° |
| BC1 | 73.02° |
| BA | -61.74° |
| AC2 | 74.37° |
| AC1 | 123.46° |
| dc | 16.24Å |
| Docking angle | 59.96° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5tez_JI | 104.37° | 71.65° | -61.90° | 74.92° | 122.39° | 16.18Å | 2.2 |
| 3qeq_ED | 103.07° | 72.87° | -62.60° | 75.79° | 121.69° | 16.17Å | 2.4 |
| 5wlg_JI | 103.68° | 71.72° | -59.80° | 75.45° | 123.46° | 16.54Å | 2.6 |
| 3skn_DC | 103.73° | 73.20° | -63.62° | 75.26° | 124.51° | 17.21Å | 2.6 |
| 2xn9_BA | 105.51° | 72.32° | -61.82° | 74.17° | 124.46° | 16.45Å | 2.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 5.6 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 8.6 |
| 4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 8.9 |
| 1n4x_HL | 110.31° | 76.00° | -65.51° | 77.43° | 122.43° | 15.84Å | 9.2 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 9.7 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ24 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | LLFGYPVYV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASRPGAAGGRPELY | None | 14 |
| CDRB2 | SVGVGI | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVTTDRSGKLQ | None | 11 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | IRSSTS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.24° |
| BC1 | 72.55° |
| BA | -60.29° |
| AC2 | 76.44° |
| AC1 | 122.02° |
| dc | 16.41Å |
| Docking angle | 57.23° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7rm4_ST | 104.23° | 72.87° | -60.50° | 77.34° | 122.23° | 16.36Å | 1.4 |
| 3qh3_DC | 103.38° | 73.21° | -61.36° | 77.35° | 122.64° | 16.34Å | 1.7 |
| 5wlg_JI | 103.68° | 71.72° | -59.80° | 75.45° | 123.46° | 16.54Å | 2.0 |
| 1mwa_BA | 104.83° | 72.25° | -59.58° | 77.40° | 122.34° | 16.58Å | 2.0 |
| 1g6r_DC | 104.52° | 72.37° | -60.12° | 78.00° | 121.40° | 16.31Å | 2.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.5 |
| 4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 8.6 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 8.6 |
| 3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 8.7 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 8.7 |