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Structure of Human Mait a-F7 TCR in complex with Patient Mr1-R9H-ac-6-Fp
Item | Info |
---|---|
PDB | 6w9u |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.89Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 1-[[6-(1-$l^{1}-oxidanylethyl)-4-$l^{3}-oxidanylidene-2,3,6,8~{a}-tetrahydropteridin-2-yl]-$l^{2}-azanyl]ethanone |
Antigen residue | TKG |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | F |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.85° |
BC1 | 73.38° |
BA | -62.07° |
AC2 | 80.26° |
AC1 | 123.65° |
dc | 16.64Å |
Docking angle | 58.69° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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4nqc_ED | 103.49° | 73.33° | -62.17° | 80.28° | 124.02° | 16.70Å | 0.5 |
6puc_ED | 103.81° | 73.18° | -61.75° | 80.40° | 124.02° | 16.71Å | 0.6 |
4nqe_HG | 103.90° | 73.12° | -61.72° | 80.47° | 123.95° | 16.72Å | 0.6 |
4l4v_HG | 103.17° | 73.47° | -61.96° | 80.33° | 123.80° | 16.77Å | 0.7 |
6puj_ED | 103.49° | 73.27° | -61.46° | 80.55° | 123.73° | 16.75Å | 0.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.4 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.9 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.2 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.3 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.4 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 1-[[6-(1-$l^{1}-oxidanylethyl)-4-$l^{3}-oxidanylidene-2,3,6,8~{a}-tetrahydropteridin-2-yl]-$l^{2}-azanyl]ethanone |
Antigen residue | TKG |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.79° |
BC1 | 73.99° |
BA | -64.96° |
AC2 | 78.82° |
AC1 | 123.06° |
dc | 16.43Å |
Docking angle | 61.50° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4nqe_ED | 103.94° | 73.92° | -64.91° | 79.02° | 122.86° | 16.52Å | 0.3 |
5u6q_ED | 103.89° | 74.02° | -64.85° | 78.65° | 122.86° | 16.42Å | 0.3 |
6puj_GB | 103.85° | 73.94° | -64.58° | 78.91° | 122.95° | 16.51Å | 0.4 |
6w9v_HG | 103.88° | 74.00° | -65.10° | 78.42° | 123.01° | 16.49Å | 0.4 |
4l4v_ED | 103.99° | 73.92° | -64.98° | 79.27° | 123.23° | 16.55Å | 0.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.1 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.5 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.6 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.0 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.2 |