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Immune Receptor complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6xc9 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.4Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV38/TRAJ54 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | C |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DQA1*0301 / HLA-DQB1*0302 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLSASGGATDTQY | None | 15 |
| CDRB2 | YFSETQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
| CDRA3 | AFFGQGAQKLV | None | 11 |
| CDRA2 | QEAYKQQN | None | 8 |
| CDRA1 | TSESNYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.47° |
| BC1 | 74.34° |
| BA | -60.13° |
| AC2 | 84.82° |
| AC1 | 124.02° |
| dc | 15.88Å |
| Docking angle | 27.06° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3ffc_JI | 103.86° | 75.46° | -60.90° | 85.32° | 124.06° | 15.35Å | 1.6 |
| 3ffc_ED | 104.47° | 75.23° | -60.83° | 86.02° | 124.91° | 15.35Å | 2.2 |
| 6uk2_ED | 104.60° | 75.28° | -60.62° | 83.33° | 123.40° | 16.30Å | 2.3 |
| 6uk4_ED | 103.96° | 75.02° | -60.42° | 82.42° | 123.81° | 16.23Å | 2.6 |
| 1fo0_BA | 105.44° | 76.74° | -60.56° | 84.36° | 122.98° | 15.65Å | 3.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.6 |
| 5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 8.0 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 8.3 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 8.3 |
| 3rpi_AB | 111.40° | 72.07° | -59.66° | 84.25° | 122.88° | 16.71Å | 8.4 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV38/TRAJ54 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | H |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DQA1*0301 / HLA-DQB1*0302 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLSASGGATDTQY | None | 15 |
| CDRB2 | YFSETQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
| CDRA3 | AFFGQGAQKLV | None | 11 |
| CDRA2 | QEAYKQQN | None | 8 |
| CDRA1 | TSESNYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.16° |
| BC1 | 74.32° |
| BA | -60.81° |
| AC2 | 84.60° |
| AC1 | 122.61° |
| dc | 15.91Å |
| Docking angle | 26.98° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3ffc_JI | 103.86° | 75.46° | -60.90° | 85.32° | 124.06° | 15.35Å | 2.2 |
| 6uk2_ED | 104.60° | 75.28° | -60.62° | 83.33° | 123.40° | 16.30Å | 2.3 |
| 6uk4_ED | 103.96° | 75.02° | -60.42° | 82.42° | 123.81° | 16.23Å | 2.8 |
| 3ffc_ED | 104.47° | 75.23° | -60.83° | 86.02° | 124.91° | 15.35Å | 3.2 |
| 3sjv_ON | 102.32° | 71.44° | -60.23° | 85.39° | 122.65° | 17.19Å | 3.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.0 |
| 5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 7.7 |
| 3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 7.8 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.9 |
| 4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 8.1 |