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Structure of Human Mr1-Ethylvanillin in complex with Human Mait a-F7 TCR
Item | Info |
---|---|
PDB | 7ufj |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.5Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.18° |
BC1 | 74.00° |
BA | -65.53° |
AC2 | 78.41° |
AC1 | 123.06° |
dc | 16.52Å |
Docking angle | 61.81° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6w9v_HG | 103.88° | 74.00° | -65.10° | 78.42° | 123.01° | 16.49Å | 0.5 |
5u16_HG | 103.72° | 73.80° | -65.00° | 78.29° | 123.01° | 16.51Å | 0.7 |
6puf_HG | 104.25° | 73.58° | -65.03° | 78.52° | 123.05° | 16.54Å | 0.7 |
6puk_GB | 104.12° | 73.49° | -65.02° | 78.41° | 122.89° | 16.56Å | 0.7 |
4nqd_ED | 103.76° | 73.69° | -64.93° | 78.24° | 122.86° | 16.44Å | 0.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.0 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.1 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.5 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.6 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.1 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | ETHYL VANILLIN |
Antigen residue | N36 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.16° |
BC1 | 73.41° |
BA | -62.16° |
AC2 | 79.64° |
AC1 | 123.75° |
dc | 16.67Å |
Docking angle | 60.40° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4pjf_HG | 103.12° | 73.06° | -61.65° | 79.97° | 123.64° | 16.66Å | 0.7 |
4l4v_HG | 103.17° | 73.47° | -61.96° | 80.33° | 123.80° | 16.77Å | 0.7 |
4nqc_ED | 103.49° | 73.33° | -62.17° | 80.28° | 124.02° | 16.70Å | 0.8 |
5u6q_GB | 103.23° | 73.55° | -61.68° | 80.17° | 123.38° | 16.61Å | 0.8 |
6pvc_FE | 103.37° | 72.87° | -61.55° | 79.93° | 123.71° | 16.68Å | 0.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.2 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 7.5 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.9 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 8.0 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 8.2 |