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the complex of TCR Nyn-I and HLA-A24 Bound to Sars-Cov-2 Spike448-456 Peptide Nynylyrlf
Item | Info |
---|---|
PDB | 8ye4 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.2Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ28 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | E |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS2 |
Antigen Sequence | NYNYLYRLF |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*2402 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSETGGYEQY | None | 11 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | VVNAHSGAGSYQLT | None | 14 |
CDRA2 | VYSSG | None | 5 |
CDRA1 | NSASQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.01° |
BC1 | 71.76° |
BA | -60.96° |
AC2 | 79.15° |
AC1 | 124.91° |
dc | 17.07Å |
Docking angle | 52.91° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3sjv_JI | 102.43° | 71.16° | -60.88° | 79.59° | 124.34° | 17.17Å | 1.0 |
4h1l_JI | 101.40° | 72.39° | -61.09° | 79.28° | 124.96° | 16.29Å | 1.2 |
4h1l_HG | 102.73° | 72.35° | -61.12° | 79.48° | 125.31° | 16.34Å | 1.3 |
3rev_BA | 101.29° | 71.79° | -60.65° | 78.74° | 124.05° | 16.31Å | 1.4 |
3sjv_TS | 102.96° | 72.18° | -61.91° | 80.10° | 125.49° | 16.90Å | 1.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.2 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 9.3 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 9.5 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 9.6 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 9.6 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ28 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | F |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS2 |
Antigen Sequence | NYNYLYRLF |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*2402 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSETGGYEQY | None | 11 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | VVNAHSGAGSYQLT | None | 14 |
CDRA2 | VYSSG | None | 5 |
CDRA1 | NSASQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.33° |
BC1 | 71.38° |
BA | -60.49° |
AC2 | 78.95° |
AC1 | 124.12° |
dc | 17.10Å |
Docking angle | 56.19° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3sjv_JI | 102.43° | 71.16° | -60.88° | 79.59° | 124.34° | 17.17Å | 0.8 |
3rev_BA | 101.29° | 71.79° | -60.65° | 78.74° | 124.05° | 16.31Å | 1.4 |
4pjc_FE | 102.47° | 72.37° | -59.74° | 79.13° | 123.72° | 16.65Å | 1.4 |
4h1l_JI | 101.40° | 72.39° | -61.09° | 79.28° | 124.96° | 16.29Å | 1.9 |
4h1l_HG | 102.73° | 72.35° | -61.12° | 79.48° | 125.31° | 16.34Å | 1.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.7 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.8 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 9.0 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 9.2 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 9.2 |