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Crystal Structure of a TCR in complex with HLA-A*11:01 Bound to Kras Peptide (Vvgavgvgk)
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 8i5c |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.34Å |
| Number of TCRs | 10 |
This PDB has 10 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDTGGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AARDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
| CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.34° |
| BC1 | 73.41° |
| BA | -61.79° |
| AC2 | 78.05° |
| AC1 | 123.49° |
| dc | 16.53Å |
| Docking angle | 48.34° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4g8e_BA | 106.67° | 72.72° | -60.52° | 77.51° | 123.85° | 16.52Å | 1.6 |
| 4x6c_FE | 105.64° | 72.65° | -62.07° | 76.83° | 123.03° | 16.49Å | 1.7 |
| 5e9d_JI | 105.66° | 74.72° | -62.56° | 77.24° | 123.77° | 16.37Å | 1.9 |
| 4pj7_FE | 104.93° | 73.02° | -62.94° | 79.01° | 123.61° | 16.69Å | 2.1 |
| 4g8f_BA | 106.37° | 71.74° | -62.87° | 78.56° | 124.53° | 16.77Å | 2.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.8 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.1 |
| 1n4x_HL | 110.31° | 76.00° | -65.51° | 77.43° | 122.43° | 15.84Å | 6.2 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.2 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 6.2 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDTGGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AARDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
| CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.80° |
| BC1 | 73.04° |
| BA | -62.22° |
| AC2 | 78.09° |
| AC1 | 123.79° |
| dc | 16.56Å |
| Docking angle | 47.86° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4x6c_FE | 105.64° | 72.65° | -62.07° | 76.83° | 123.03° | 16.49Å | 1.5 |
| 4pj7_FE | 104.93° | 73.02° | -62.94° | 79.01° | 123.61° | 16.69Å | 1.5 |
| 4pjx_HG | 104.62° | 73.12° | -62.91° | 78.97° | 123.27° | 16.44Å | 1.7 |
| 4g8f_BA | 106.37° | 71.74° | -62.87° | 78.56° | 124.53° | 16.77Å | 1.8 |
| 5e9d_JI | 105.66° | 74.72° | -62.56° | 77.24° | 123.77° | 16.37Å | 1.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.0 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.2 |
| 1n4x_HL | 110.31° | 76.00° | -65.51° | 77.43° | 122.43° | 15.84Å | 6.5 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.6 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.6 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | O |
| VA chain | N |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | M |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | K | L |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | O | FASTA file |
|
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| VA | N | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDTGGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AARDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
| CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.07° |
| BC1 | 73.01° |
| BA | -62.27° |
| AC2 | 78.18° |
| AC1 | 123.80° |
| dc | 16.59Å |
| Docking angle | 48.32° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4pj7_FE | 104.93° | 73.02° | -62.94° | 79.01° | 123.61° | 16.69Å | 1.6 |
| 4x6c_FE | 105.64° | 72.65° | -62.07° | 76.83° | 123.03° | 16.49Å | 1.7 |
| 4g8f_BA | 106.37° | 71.74° | -62.87° | 78.56° | 124.53° | 16.77Å | 1.7 |
| 4pjx_HG | 104.62° | 73.12° | -62.91° | 78.97° | 123.27° | 16.44Å | 1.9 |
| 4g8e_BA | 106.67° | 72.72° | -60.52° | 77.51° | 123.85° | 16.52Å | 2.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.8 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.2 |
| 1n4x_HL | 110.31° | 76.00° | -65.51° | 77.43° | 122.43° | 15.84Å | 6.4 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.4 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.4 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | T |
| VA chain | S |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | R |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | P | Q |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | T | FASTA file |
|
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| VA | S | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDTGGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AARDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
| CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.08° |
| BC1 | 73.18° |
| BA | -62.04° |
| AC2 | 77.86° |
| AC1 | 123.65° |
| dc | 16.53Å |
| Docking angle | 47.88° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4x6c_FE | 105.64° | 72.65° | -62.07° | 76.83° | 123.03° | 16.49Å | 1.4 |
| 4g8e_BA | 106.67° | 72.72° | -60.52° | 77.51° | 123.85° | 16.52Å | 1.7 |
| 5e9d_JI | 105.66° | 74.72° | -62.56° | 77.24° | 123.77° | 16.37Å | 1.8 |
| 4pj7_FE | 104.93° | 73.02° | -62.94° | 79.01° | 123.61° | 16.69Å | 1.9 |
| 4g8f_BA | 106.37° | 71.74° | -62.87° | 78.56° | 124.53° | 16.77Å | 2.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.9 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.0 |
| 1n4x_HL | 110.31° | 76.00° | -65.51° | 77.43° | 122.43° | 15.84Å | 6.3 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 6.4 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.4 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | Y |
| VA chain | X |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | W |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | U | V |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | Y | FASTA file |
|
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| VA | X | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDTGGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AARDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
| CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.49° |
| BC1 | 73.15° |
| BA | -60.25° |
| AC2 | 78.11° |
| AC1 | 124.04° |
| dc | 16.56Å |
| Docking angle | 47.77° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4g8e_BA | 106.67° | 72.72° | -60.52° | 77.51° | 123.85° | 16.52Å | 0.8 |
| 8dnt_IH | 107.67° | 72.60° | -59.28° | 77.90° | 124.75° | 16.64Å | 1.8 |
| 8dnt_PM | 107.67° | 71.80° | -59.96° | 78.60° | 124.64° | 16.70Å | 2.0 |
| 7na5_ED | 107.65° | 72.03° | -60.43° | 77.41° | 125.33° | 16.45Å | 2.2 |
| 4y1a_ED | 106.20° | 71.83° | -60.17° | 79.83° | 124.12° | 16.73Å | 2.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 6.2 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.2 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.3 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.6 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 6.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | d |
| VA chain | c |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | b |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | Z | a |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | d | FASTA file |
|
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| VA | c | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDTGGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AARDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
| CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.95° |
| BC1 | 73.49° |
| BA | -60.88° |
| AC2 | 78.46° |
| AC1 | 123.53° |
| dc | 16.51Å |
| Docking angle | 47.59° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5ks9_HG | 103.96° | 73.13° | -60.30° | 79.64° | 123.33° | 15.94Å | 1.8 |
| 7rm4_IJ | 104.11° | 74.07° | -60.18° | 78.44° | 122.39° | 16.02Å | 1.8 |
| 5ks9_FE | 104.05° | 73.02° | -60.27° | 79.68° | 123.11° | 15.88Å | 1.9 |
| 7rm4_DE | 103.90° | 73.60° | -60.63° | 78.47° | 122.02° | 16.02Å | 1.9 |
| 5d7i_HG | 104.30° | 72.61° | -60.75° | 80.03° | 123.42° | 16.67Å | 1.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.8 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.0 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.1 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.2 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.3 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | i |
| VA chain | h |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | g |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | e | f |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | i | FASTA file |
|
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| VA | h | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDTGGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AARDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
| CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.31° |
| BC1 | 73.72° |
| BA | -61.21° |
| AC2 | 78.32° |
| AC1 | 123.59° |
| dc | 16.43Å |
| Docking angle | 47.63° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4g8e_BA | 106.67° | 72.72° | -60.52° | 77.51° | 123.85° | 16.52Å | 2.0 |
| 4pj7_FE | 104.93° | 73.02° | -62.94° | 79.01° | 123.61° | 16.69Å | 2.0 |
| 5e9d_JI | 105.66° | 74.72° | -62.56° | 77.24° | 123.77° | 16.37Å | 2.0 |
| 4x6c_FE | 105.64° | 72.65° | -62.07° | 76.83° | 123.03° | 16.49Å | 2.1 |
| 4grm_BA | 104.75° | 74.22° | -61.93° | 76.60° | 123.01° | 16.23Å | 2.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.7 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.8 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.9 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.0 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.1 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | n |
| VA chain | m |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | l |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | j | k |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | n | FASTA file |
|
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| VA | m | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDTGGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AARDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
| CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.21° |
| BC1 | 72.97° |
| BA | -60.48° |
| AC2 | 78.59° |
| AC1 | 123.50° |
| dc | 16.53Å |
| Docking angle | 46.89° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5ks9_HG | 103.96° | 73.13° | -60.30° | 79.64° | 123.33° | 15.94Å | 1.3 |
| 5ks9_FE | 104.05° | 73.02° | -60.27° | 79.68° | 123.11° | 15.88Å | 1.4 |
| 5d7i_HG | 104.30° | 72.61° | -60.75° | 80.03° | 123.42° | 16.67Å | 1.5 |
| 4pjc_HG | 103.15° | 72.48° | -61.53° | 78.37° | 123.38° | 16.57Å | 1.6 |
| 7rm4_IJ | 104.11° | 74.07° | -60.18° | 78.44° | 122.39° | 16.02Å | 1.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.2 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.6 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.6 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.6 |
| 3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 7.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | s |
| VA chain | r |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | q |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | o | p |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | s | FASTA file |
|
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| VA | r | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDTGGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AARDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
| CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.29° |
| BC1 | 72.86° |
| BA | -60.56° |
| AC2 | 78.49° |
| AC1 | 123.86° |
| dc | 16.65Å |
| Docking angle | 47.70° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4g8e_BA | 106.67° | 72.72° | -60.52° | 77.51° | 123.85° | 16.52Å | 1.1 |
| 4y1a_ED | 106.20° | 71.83° | -60.17° | 79.83° | 124.12° | 16.73Å | 1.8 |
| 8dnt_PM | 107.67° | 71.80° | -59.96° | 78.60° | 124.64° | 16.70Å | 2.0 |
| 8dnt_IH | 107.67° | 72.60° | -59.28° | 77.90° | 124.75° | 16.64Å | 2.2 |
| 3e2h_CB | 106.69° | 73.41° | -60.12° | 80.34° | 124.94° | 16.55Å | 2.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.0 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 6.1 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.3 |
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 6.5 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 6.6 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | x |
| VA chain | w |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | v |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVGAVGVGK |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | t | u |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | x | FASTA file |
|
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| VA | w | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDTGGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AARDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | IFSNGE | None | 6 |
| CDRA1 | DRNVDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.72° |
| BC1 | 73.58° |
| BA | -61.00° |
| AC2 | 78.00° |
| AC1 | 123.40° |
| dc | 16.40Å |
| Docking angle | 47.05° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7rm4_IJ | 104.11° | 74.07° | -60.18° | 78.44° | 122.39° | 16.02Å | 1.6 |
| 7rm4_ST | 104.23° | 72.87° | -60.50° | 77.34° | 122.23° | 16.36Å | 1.7 |
| 4grm_BA | 104.75° | 74.22° | -61.93° | 76.60° | 123.01° | 16.23Å | 1.8 |
| 7rm4_DE | 103.90° | 73.60° | -60.63° | 78.47° | 122.02° | 16.02Å | 1.8 |
| 3qh3_DC | 103.38° | 73.21° | -61.36° | 77.35° | 122.64° | 16.34Å | 1.8 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.9 |
| 1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.1 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.3 |
| 1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.5 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.6 |